
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">

<STYLE>.hmmessage P {

        PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 0px; PADDING-BOTTOM: 0px; MARGIN: 0px; PADDING-TOP: 0px

}

BODY.hmmessage {

        FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Verdana

}

</STYLE>


<META content="MSHTML 6.00.2900.3660" name=GENERATOR></HEAD>

<BODY class=hmmessage bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT face=Arial>Thanks for your answer.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial>With the system [166 NIPPA and 4140 water molecules] I 

performed runs in three different modalities for the non-bonding interactions, 

as described in the following:</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial>1) 

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Courier New">; 

NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<BR>nstlist<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 10<BR>ns_type<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= grid<BR>pbc<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= xyz<BR>rlist<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 0.9</FONT><BR></P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Courier New">; 

OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<BR>coulombtype<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= PME<BR>rcoulomb-switch<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 0<BR>rcoulomb<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 0.9<BR>; Method for doing Van der Waals<BR>vdw-type<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= Cut-off<BR>rvdw-switch<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 0<BR>rvdw<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 1.2</FONT></P><FONT face="Courier New"></FONT></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial><FONT face="Courier New"></FONT>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Courier New">; 

Spacing for the PME/PPPM FFT grid<BR>fourierspacing<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 0.12<BR>; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be 

used<BR>fourier_nx<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 0<BR>fourier_ny<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN><SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</SPAN>= 

0<BR>fourier_nz<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 0<BR>; EWALD/PME/PPPM parameters<BR>pme_order<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 4<BR>ewald_rtol<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 1e-05<BR>ewald_geometry<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 3d<BR>epsilon_surface<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 0<BR>optimize_fft<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= no</FONT><BR></P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">&nbsp;</P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">&nbsp;</P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">2)</P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Courier New">; 

NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<BR>nstlist<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 10<BR>ns_type<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= grid<BR>pbc<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= xyz<BR>rlist<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 1.0<BR>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<BR>coulombtype<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= reaction_field<BR>rcoulomb-switch<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 0<BR>rcoulomb<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 1.5<BR>; Relative dielectric constant for the medium and the reaction 

field<BR>epsilon_r<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 78.5<BR>epsilon_rf<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 1<BR>vdw-type<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= Cut-off<BR>rvdw-switch<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 0<BR>rvdw<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 1.0<BR>; Apply long range dispersion corrections for Energy and 

Pressure<BR>dispcorr<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= EnerPres<BR>; Extension of the potential lookup tables beyond the 

cut-off<BR>table-extension<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 1</FONT><BR></P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><BR>&nbsp;</P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">3) As 1) but with longer 

cut-offs</P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Courier New">; 

NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<BR>nstlist<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 10<BR>ns_type<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= grid<BR>pbc<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= xyz<BR>rlist<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 1.2<BR>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<BR>coulombtype<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= PME<BR>rcoulomb-switch<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 0<BR>rcoulomb<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 1.2<BR>vdw-type<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= Cut-off<BR>rvdw-switch<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 0<BR>rvdw<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 1.5<BR>; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<BR>fourierspacing<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 0.12<BR>fourier_nx<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 0<BR>fourier_ny<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN><SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</SPAN>= 

0<BR>fourier_nz<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 0<BR>; EWALD/PME/PPPM parameters<BR>pme_order<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 4<BR>ewald_rtol<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 1e-05<BR>ewald_geometry<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 3d<BR>epsilon_surface<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= 0<BR>optimize_fft<SPAN 

style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</SPAN>= no</FONT></P><FONT face="Courier New"></FONT></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">&nbsp;</P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">I observed aggregation in each 

case.</P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">About the environment control, 

temperature had a RMSD of about 2.5 K and pressure of about 185 bar.</P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">&nbsp;</P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">I was reading in the paper 

</P>

<DIV id=citation><CITE>J. Phys. Chem. B</CITE>, <SPAN 

class=citation_year>2003</SPAN>, <SPAN class=citation_volume>107</SPAN> (35), pp 

9424�9433</DIV>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">"Methodological Issues in 

Lipid Bilayer Simulations" by C�line An�zo,<A class=ref 

href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp0348981?journalCode=jpcbfk&amp;quickLinkVolume=107&amp;quickLinkPage=9424&amp;volume=107#jp0348981AF2"><SUP>�</SUP></A> 

Alex H. de Vries,<A class=ref 

href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp0348981?journalCode=jpcbfk&amp;quickLinkVolume=107&amp;quickLinkPage=9424&amp;volume=107#jp0348981AF3"><SUP>�</SUP></A> 

Hans-Dieter H�ltje,<A class=ref 

href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp0348981?journalCode=jpcbfk&amp;quickLinkVolume=107&amp;quickLinkPage=9424&amp;volume=107#jp0348981AF2"><SUP>�</SUP></A> 

D. Peter Tieleman,<A class=ref 

href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp0348981?journalCode=jpcbfk&amp;quickLinkVolume=107&amp;quickLinkPage=9424&amp;volume=107#jp0348981AF4"><SUP>�</SUP></A> 

and Siewert-Jan Marrink</P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">that the Author modified some 

LJ parameters to enhance the hydration of some atoms in their system.</P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">I do not know if it is a 

legitimate procedure, in my case. If I could obtain the 'right' behaviour of 

NIPPA at 293 K, should I be sure to use the same modified parameters at a 

different temperature?</P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">&nbsp;</P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">Another idea is to try an 

all-atom force field, i.e. OPLS. Do you think anything could change?</P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">&nbsp;</P>

<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">Ester<BR></P></FONT></DIV>

<BLOCKQUOTE 

style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">

  <DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>

  <DIV 

  style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 10pt arial; font-color: black"><B>From:</B> 

  <A title=gmx3@hotmail.com href="mailto:gmx3@hotmail.com">Berk Hess</A> </DIV>

  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A title=gmx-users@gromacs.org 

  href="mailto:gmx-users@gromacs.org">Discussion list for GROMACS users</A> 

  </DIV>

  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Tuesday, February 16, 2010 3:13 

  PM</DIV>

  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> RE: [gmx-users] undesired 

  aggregation</DIV>

  <DIV><BR></DIV>Hi,<BR><BR>This subject is extremely sensitive to force field 

  and simulation accuracy.<BR>The small forces driving aggregation are the 

  result of many, large counteracting forces.<BR>Force fields often give the 

  right behavior, but nearly never at the correct temperature<BR>unless they 

  have been explicitly parametrized for this.<BR><BR>I would not expect the 

  Gromos force field to behave too badly though,<BR>since it has been 

  parametrized to reproduce partitioning between water and 

  cyclohexane.<BR><BR>What are your cut-off's and electrostatics 

  settings?<BR><BR>Berk<BR><BR>

  <HR id=stopSpelling>

  From: ester.chiessi@uniroma2.it<BR>To: gmx-users@gromacs.org<BR>Date: Tue, 16 

  Feb 2010 14:35:11 +0100<BR>Subject: [gmx-users] undesired aggregation<BR><BR>

  <STYLE>

</STYLE>


  <DIV><FONT face=Arial size=2>Hi.</FONT></DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2>I&nbsp;was trying to simulate the behaviour of 

  N-isopropyl propionamide, CH3-CH2-CO-NH-CH-(CH3)2 (NIPPA) in aqueous 

  solution.</FONT></DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2>This molecule has an inverted solubility 

  behaviour with temperature and it displays a miscibility gap in water for 

  temperatures higher than about 30�C.</FONT></DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2>Experiments show that at 293 K and 1 atm the 

  water/NIPPA omogeneous solution phase is stable at any 

  composition.</FONT></DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2>I performed a few NPT MD simulations of NIPPA in 

  water SPC&nbsp;using the 45A3 force field, at different NIPPA concentrations, 

  293 K (Nose Hoover) and 1 atm (Parrinello Rahman), PME for electrostatic. Two 

  typical systems contained [288 NIPPA molecules and 1680 water molecules] or 

  [166 NIPPA and 4140 water molecules].</FONT></DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2>In the starting configuration the NIPPA molecules 

  were randomly placed and solvated.</FONT></DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2>I&nbsp;was very surprised to see that after 2 ns 

  ( time step 2 fs) the NIPPA molecules aggregated, in several ways (layer, 

  cylindrical tube, spherical object) depending on the NIPPA concentration, 

  whereas&nbsp;I was expecting a complete solubility in water.</FONT></DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2>In a further run at 273 K&nbsp; ( a temperature 

  about 30 degrees lower than the critical temperature) I found the same 

  aggregation effect.</FONT></DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2>What do you think? Am I beyond the possibilties 

  of the simulation?</FONT></DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2>Any comment is welcome. Thanks in 

  advance</FONT></DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2>Ester</FONT></DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2>P.S. I found in the literature that the DPPC 

  self-assembly was modeled in MD simulations ( de Vries et al JACS 2004) at 323 

  K, a temperature higher than the transition temperature of DPPC. Why did the 

  Authors use a T where the organized phase is unstable? I was wondering since 

  also for my system the temperature is a crucial parameter.</FONT></DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

  <DIV>&nbsp;</DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

  <DIV><FONT face=Arial size=2>Ester Chiessi<BR>Dipartimento di Scienze e 

  Tecnologie Chimiche<BR>Universit� di Roma Tor Vergata<BR>Via della Ricerca 

  Scientifica<BR>00133 Roma<BR><A 

  href="http://www.stc.uniroma2.it/cfmacro/cfmacroindex.htm">http://www.stc.uniroma2.it/cfmacro/cfmacroindex.htm</A><BR>tel: 

  *39*6*72594462</FONT></DIV><BR>

  <HR>

  Express yourself instantly with MSN Messenger! <A 

  href="http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/" target=_new>MSN 

  Messenger</A> 

  <P>

  <HR>


  <P></P>-- <BR>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  gmx-users@gromacs.org<BR>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please 

  search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>Please 

  don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or 

  send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read 

  http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</BLOCKQUOTE></BODY></HTML>