<br>Hi Tsjerk,<br>sorry I didn&#39;t understand this part of your explanation:&quot;Can you make an image of the last frame and send a link<br>
to it?&quot;<br>But anyhow, please can you send me the version of trjconv that does the trick?<br><br>Thanks,<br>Carla<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 18, 2010 at 11:42 AM, Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi Carla,<br>
<div class="im"><br>
&gt; I checked with genconf &amp; now I&#39;m certain that my ATP molecule is still with<br>
&gt; the protein<br>
<br>
</div>That&#39;s good to know :)<br>
<div class="im"><br>
&gt;&gt;&gt; trjconv -s a.tpr -f b.xtc -o c.xtc -center -ur compact -pbc mol<br>
&gt;&gt;&gt; (centering on &quot;Protein&quot;)<br>
<br>
</div>So what did come out of this then? It should have given you a compact<br>
representation of your system with the protein in the center. But if<br>
the protein&#39;s in the center and everything is put as close to that<br>
center as possible, which is what &quot;compact&quot; does, then the ATP should<br>
be there too. Can you make an image of the last frame and send a link<br>
to it? Alternatively, I have a patched version of trjconv that you can<br>
use to do the trick. I can send it if you want.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<font color="#888888"><br>
<br>
--<br>
</font><div class="im">Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
<br>
Computational Chemist<br>
Medicinal Chemist<br>
Neuropharmacologist<br>
--<br>
</div><div><div></div><div class="h5">gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>