<div style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 16px;">Dear GROMACS users, <br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" />I have a system of 64 chains and want to calculate averaged values of end-to-end distance of all chains as well as the averaged radius of gyration from 1ns trajectory. In the case of end-to-end distance I have prepared index file containing one group of the first atoms in ascending order and the second one containing the terminal atoms in ascending order. I have used g_dist but it looks like it combined all pairs between both groups. I have looked at the mailing list but did not find the answer. <br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" />Is it possible to do such analysis using directly GROMACS tools or I need to prepare some scripts with loops running over all chains. Thank you for response in advance.<br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" />Zuzana Benkova<br /></div>