<font class="Apple-style-span" face="Verdana, sans-serif" size="4"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px; line-height: 17px;"><div><span style=""></span><br></div>Hi <br></span></font><div><font class="Apple-style-span" face="Verdana, sans-serif" size="4"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px; line-height: 17px;">From Gromacs Manual:</span></font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="Verdana, sans-serif" size="4"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px; line-height: 17px;"><span class="Apple-style-span" style="line-height: normal; "><ul style="margin-top: 1.5em; margin-bottom: 0px; list-style-type: disc; ">
<li style="line-height: 1.25; "><span class="highlight" style="background-color: yellow; ">Backbone</span>: all protein <span class="highlight" style="background-color: yellow; ">backbone</span> atoms (C-alpha, N, C)</li>
<li style="line-height: 1.25; ">MainChain: <span class="highlight" style="background-color: yellow; ">backbone</span> atoms, plus the carbonyl oxygens</li></ul><div><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><br>
</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;">The following is part of .gro file.</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;">I listed the atom number, are those all correct ?</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><span class="Apple-style-span" style="background-color: rgb(255, 255, 51);">C-alpha: 161,170,179</span></span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;">N:158,163, 172</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><span class="Apple-style-span" style="background-color: rgb(255, 255, 51);">C:  ???   what does this &quot;C&quot; represent ? </span></span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;">carbonyl oxygens: 162,171,180</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;">Thank you</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;">Lin</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><br>
</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><div>   16GLY      <span class="Apple-style-span" style="background-color: rgb(255, 255, 51);">N  158</span>   4.365  -0.145   3.067 -0.6971 -0.0210  0.0556</div>
<div>   16GLY      H  159   4.280  -0.127   3.017  0.4468  0.2941 -1.8808</div><div>   16GLY     CA  160   4.377  -0.037   3.166 -0.3605  0.4870 -0.5237</div><div>   16GLY      <span class="Apple-style-span" style="background-color: rgb(255, 255, 0);">C  161  </span> 4.250  -0.037   3.252  0.0432 -0.0265  0.0901</div>
<div>   16GLY      <span class="Apple-style-span" style="background-color: rgb(255, 255, 51);">O  162</span>   4.180  -0.137   3.266  0.2570 -0.1341  0.3963</div><div>   17LEU      <span class="Apple-style-span" style="background-color: rgb(255, 255, 51);">N  163</span>   4.216   0.087   3.287  0.7572  0.0242  0.6305</div>
<div>   17LEU      H  164   4.276   0.160   3.254  0.7410 -0.8313 -1.4811</div><div>   17LEU     CA  165   4.102   0.123   3.372 -0.0401 -0.2644 -0.2910</div><div>   17LEU     CB  166   4.156   0.220   3.477  0.1016 -0.1889 -0.4337</div>
<div>   17LEU     CG  167   4.275   0.181   3.566 -0.0012 -0.5604 -0.4598</div><div>   17LEU    CD1  168   4.338   0.303   3.632  1.2085 -0.9864 -0.7919</div><div>   17LEU    CD2  169   4.233   0.084   3.676  0.8349 -0.3795  0.0241</div>
<div>   17LEU      <span class="Apple-style-span" style="background-color: rgb(255, 255, 51);">C  170</span>   3.980   0.184   3.303 -0.0634  0.2558  0.2056</div><div>   17LEU      <span class="Apple-style-span" style="background-color: rgb(255, 255, 51);">O  171</span>   3.993   0.297   3.258 -0.2180  0.0717 -0.3035</div>
<div><div>   18ASP      <span class="Apple-style-span" style="background-color: rgb(255, 255, 51);">N  172</span>   3.867   0.113   3.302  0.0759  0.0338 -0.0172</div><div>   18ASP      H  173   3.855   0.036   3.364 -0.9960  1.0931  1.1466</div>
<div>   18ASP     CA  174   3.744   0.153   3.233 -0.1100 -0.0437  0.2680</div><div>   18ASP     CB  175   3.638   0.047   3.201 -0.1316  0.1250 -0.2304</div><div>   18ASP     CG  176   3.612  -0.052   3.315 -0.1959  0.1668 -0.2089</div>
<div>   18ASP    OD1  177   3.588  -0.170   3.282  0.1094  0.1194 -0.2643</div><div>   18ASP    OD2  178   3.643  -0.033   3.435 -0.2608 -0.1375 -0.1441</div><div>   18ASP      <span class="Apple-style-span" style="background-color: rgb(255, 255, 51);">C  179</span>   3.665   0.270   3.294  0.1485  0.2274  0.0883</div>
<div>   18ASP      <span class="Apple-style-span" style="background-color: rgb(255, 255, 51);">O  180</span>   3.660   0.382   3.245 -0.2873  0.2105  0.0864</div><div>   </div></div></span></div></span></span></font></div>