<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Can you run that same procedure without doing anything to your
protein?<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Catch ya,<br>
<br>
Dr. Dallas Warren<br>
</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Drug Delivery, Disposition and Dynamics</span><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><br>
</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Monash Institute of Pharmaceutical Sciences</span><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>,
Monash University<br>
381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>
dallas.warren@pharm.monash.edu.au<br>
+61 3 9903 9167<br>
---------------------------------<br>
When the only tool you own is a hammer, every problem begins to resemble a
nail.</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'> <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0cm 0cm 0cm 4.0pt'>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>
gmx-users-bounces@gromacs.org [mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org] <b>On
Behalf Of </b>John Ladasky<br>
<b>Sent:</b> Friday, 19 February 2010 2:08 PM<br>
<b>To:</b> gmx-users@gromacs.org<br>
<b>Subject:</b> [gmx-users] Assembling a good simulation starting point<o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<table class=MsoNormalTable border=0 cellspacing=0 cellpadding=0>
 <tr>
  <td valign=top style='padding:0cm 0cm 0cm 0cm'>
  <p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Hello everyone,<br>
  <br>
  I'm a fairly new GROMACS user.&nbsp; I'm running GROMACS 4.0.5 on top of
  Ubuntu Linux 9.10.&nbsp; I am still learning a lot.<br>
  &nbsp;<br>
  I just tried to set up my first fairly complex simulation, and it
  failed.&nbsp; I have a protein of interest, a beta barrel with a hydrophobic,
  ligand-binding interior.&nbsp; I am interested in making mutations to this
  protein, with the goal of getting it to bind to a rather different ligand
  than the one it normally binds.<br>
  &nbsp;<br>
  The way that I propose to go about studying this problem is to construct a
  partially-unfolded version of the protein structure, add my ligand of
  interest, and then run an energy minimization.<br>
  &nbsp;<br>
  My first naive attempt to construct the partially-unfolded protein was not
  successful.&nbsp; I knew that it might have problems, but I tried it
  anyway.&nbsp; Using Biopython, I rotated the atomic coordinates so that the
  beta barrel was parallel to an axis.&nbsp; Then I simply pulled all of the
  atoms 3 Angstroms away from the axis.&nbsp; Finally, I inserted my ligand.&nbsp;
  Visually, inspecting the starting structure with PyMol, I didn't see anything
  egregious.&nbsp; However, I could have some unwanted close contacts.<br>
  <br>
  I got a few &quot;long bond&quot; warnings from pdb2gmx, but I
  persisted.&nbsp; I got through genbox, editconf, and my first grompp sucessfully.
  But then when I tried the first, position-restrained energy minimization, it
  aborted with too many LINCS warnings. &nbsp; I blew the system up.<br>
  <br>
  These LINCS warnings could come from close contacts, or from large forces in
  over-stretched bonds which resulted from my crude approach to expanding the
  protein structure.&nbsp; Whatever the cause, I need a smarter way to
  start.&nbsp; I am open to ANY suggestions!<br>
  &nbsp;<br>
  What I THINK I might want to do is to manipulate the starting structure in a
  more natural way.&nbsp; For example, selecting some peptide bonds in the beta
  turns, and changing their angles.&nbsp; A program which allows me to
  manipulate structures, and not just simulate natural forces, is what I think
  I need.&nbsp; <br>
  &nbsp;<br>
  Surely, people who have used GROMACS will have faced problems simliar to
  mine.&nbsp; Thanks for your advice!<br>
  &nbsp;<br>
  John Ladasky<o:p></o:p></p>
  </td>
 </tr>
</table>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

</div>

</div>

</body>

</html>