Dear all,<br> <br>        I did two md simulations of 200 particles each of a lennard-jones fluid. One of them gave me the correct pair distribution function for a lennard-jones fluid (converging to 1) and one did not (converging to zero). I have attached the .mdp files for both systems below. The barostats are different but I don&#39;t think this is the cause. I think that one worked because of the cut-off specifications (rlist, rvdw and rcoulomb), but I am not sure of the explanation of how the cut-off values can influence the shape of a pair distribution function. The fourier spacing in both parameter files are also different.<br>
        Please, if someone knows how these cut-off values and maybe fourier spacing could influence the shape of a pair distribution function, let me know the explanation. <br><br>.mdp file which gave the plot which converges to zero:<br>
<br>title                    = NPT simulation of a LJ FLUID<br>cpp                      = /lib/cpp<br>include                  = -I../top<br>define                   = <br>integrator               = md         ; a leap-frog algorithm for integrating Newton&#39;s equations of motion<br>
dt                       = 0.002      ; time-step in ps<br>nsteps                   = 500000     ; total number of steps; total time (1 ns)<br>nstcomm                  = 1          ; frequency for com removal<br>nstxout                  = 500        ; freq. x_out<br>
nstvout                  = 500        ; freq. v_out<br>nstfout                  = 0          ; freq. f_out<br>nstlog                   = 50         ; energies to log file<br>nstenergy                = 50         ; energies to energy file<br>
nstlist                  = 10         ; frequency to update neighbour list<br>ns_type                  = grid       ; neighbour searching type<br>rlist                    = 1.0        ; cut-off distance for the short range neighbour list<br>
pbc                      = xyz        ; Periodic boundary conditions:xyz, use periodic boundary conditions in all directions<br>periodic_molecules       = no         ; molecules are finite, fast molecular pbc can be used<br>
coulombtype              = PME        ; particle-mesh-ewald electrostatics<br>rcoulomb                 = 1.0        ; distance for the coulomb cut-off<br>vdw-type                 = Cut-off    ; van der Waals interactions<br>
rvdw                     = 1.0        ; distance for the LJ or Buckingham cut-off<br>fourierspacing           = 0.12       ; max. grid spacing for the FFT grid for PME<br>fourier_nx               = 0          ; highest magnitude in reciprocal space when using Ewald<br>
fourier_ny               = 0          ; highest magnitude in reciprocal space when using Ewald<br>fourier_nz               = 0          ; highest magnitude in reciprocal space when using Ewald<br>pme_order                = 4          ; cubic interpolation order for PME<br>
ewald_rtol               = 1e-5       ; relative strength of the Ewald-shifted direct potential<br>optimize_fft             = yes        ; calculate optimal FFT plan for the grid at start up.<br>DispCorr                 = no         ; <br>
Tcoupl                   = v-rescale  ; temp. coupling with vel. rescaling with a stochastic term.<br>tau_t                    = 0.1        ; time constant for coupling<br>tc-grps                  = OXY        ; groups to couple separately to temp. bath<br>
ref_t                    = 80         ; ref. temp. for coupling<br>Pcoupl                   = berendsen  ; exponential relaxation pressure coupling (box is scaled every timestep)<br>Pcoupltype               = isotropic  ; box expands or contracts evenly in all directions (xyz) to maintain proper pressure<br>
tau_p                    = 0.5        ; time constant for coupling (ps)<br>compressibility          = 4.5e-5     ; compressibility of solvent used in simulation<br>ref_p                    = 1.0        ; ref. pressure for coupling (bar)<br>
gen_vel                  = yes        ; generate velocities according to a Maxwell distr. at gen_temp<br>gen_temp                 = 80         ; temperature for Maxwell distribution<br>gen_seed                 = 173529     ; used to initialize random generator for random velocities<br>
<br>.mdp file which gave the plot which converges to 1:<br><br>title                    = NPT simulation of a LJ FLUID<br>cpp                      = /lib/cpp<br>include                  = -I../top<br>define                   = <br>
integrator               = md           ; a leap-frog algorithm for integrating Newton&#39;s equations of motion<br>dt                       = 0.002        ; time-step in ps<br>nsteps                   = 500000       ; total number of steps; total time (1 ns)<br>
nstcomm                  = 1            ; frequency for com removal<br>nstxout                  = 1000         ; freq. x_out<br>nstvout                  = 1000         ; freq. v_out<br>nstfout                  = 0            ; freq. f_out<br>
nstlog                   = 500          ; energies to log file<br>nstenergy                = 500          ; energies to energy file<br>nstlist                  = 10           ; frequency to update neighbour list<br>ns_type                  = grid         ; neighbour searching type<br>
rlist                    = 0.3          ; cut-off distance for the short range neighbour list<br>pbc                      = xyz          ; Periodic boundary conditions:xyz, use p b c in all directions<br>periodic_molecules       = no           ; molecules are finite, fast molecular pbc can be used<br>
coulombtype              = PME          ; particle-mesh-ewald electrostatics<br>rcoulomb                 = 0.3          ; distance for the coulomb cut-off<br>vdw-type                 = Cut-off      ; van der Waals interactions<br>
rvdw                     = 0.7          ; distance for the LJ or Buckingham cut-off<br>fourierspacing           = 0.135        ; max. grid spacing for the FFT grid for PME<br>fourier_nx               = 0            ; highest magnitude in reciprocal space when using Ewald<br>
fourier_ny               = 0            ; highest magnitude in reciprocal space when using Ewald<br>fourier_nz               = 0            ; highest magnitude in reciprocal space when using Ewald<br>pme_order                = 4            ; cubic interpolation order for PME<br>
ewald_rtol               = 1e-5         ; relative strength of the Ewald-shifted direct potential<br>optimize_fft             = yes          ; calculate optimal FFT plan for the grid at start up.<br>DispCorr                 = no            <br>
Tcoupl                   = nose-hoover; temp. coupling with vel. rescaling with a stochastic term.<br>tau_t                    = 0.5        ; time constant for coupling<br>tc-grps                  = OXY        ; groups to couple separately to temp. bath<br>
ref_t                    = 80         ; ref. temp. for coupling<br>Pcoupl                   = parrinello-rahman  ; exponential relaxation pressure coupling (box is scaled every timestep)<br>Pcoupltype               = isotropic  ; box expands or contracts evenly in all directions (xyz) to maintain proper pressure<br>
tau_p                    = 5.0        ; time constant for coupling (ps)<br>compressibility          = 4.5e-5     ; compressibility of solvent used in simulation<br>ref_p                    = 1.0        ; ref. pressure for coupling (bar)<br>
gen_vel                  = yes        ; generate velocities according to a Maxwell distr. at gen_temp<br>gen_temp                 = 80         ; temperature for Maxwell distribution<br>gen_seed                 = 173529     ; used to initialize random generator for random velocities<br>

<br>I appreciate your reply.<br><br>Lum<br>