<br>Hello All,<br><div class="gmail_quote"><br>I am new user of gromacs and I need to calculate the binding free energy of a ligand and a protein. With the help of your  short manual (<a href="http://www.dillgroup.ucsf.edu/group/wiki/index.php/Free_Energy:_Tutorial" target="_blank">http://www.dillgroup.ucsf.edu/group/wiki/index.php/Free_Energy:_Tutorial</a>) I maneged to run 10 ns MD for each lambda values 0, 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9 and 1.0. I am stuck with the analysis part as I am having &quot;pro.ene&quot; for all lambda values and I encrypted this file using &quot;gmxdump&quot; programme of Gromacs. My query is what value of potential energy should I consider ie. Energy, Av Energy or Sum Energy and should I compute averages considering values for each lambda values?.. Please guide in this respect.<br>

<br>My another query is how to use TI method as all my &quot;dVpot/dlambda&quot; values are zero?<br><br>        time:   2.00000e+00         step:          1000<br>               Component       <b> Energy</b>    <b>Av. Energy</b>    <b>Sum Energy</b><br>

                    Bond   2.89178e+03   7.86885e+06   2.98932e+06<br>                   Angle   4.33606e+03   9.27276e+06   4.40540e+06<br>             Proper Dih.   1.85050e+03   2.99658e+06   1.89975e+06<br>           Improper Dih.   1.38446e+03   2.41601e+06   1.36937e+06<br>

                   LJ-14   1.73760e+03   3.36469e+06   1.78548e+06<br>              Coulomb-14   2.71578e+04   5.23907e+06   2.70781e+07<br>                 LJ (SR)   1.34540e+05   5.19285e+08   1.35127e+08<br>           Disper. corr.  -6.31178e+03   0.00000e+00  -6.31809e+06<br>

            Coulomb (SR)  -8.32042e+05   1.17824e+09  -8.34087e+08<br>            Coul. recip.  -1.27416e+05   6.36014e+06  -1.27604e+08<br>              <b> Potential  -7.91871e+05   5.23558e+08  -7.93354e+08</b><br>             Kinetic En.   1.31454e+05   5.70385e+08   1.31956e+08<br>

            Total Energy  -6.60417e+05   6.61059e+08  -6.61399e+08<br>             Temperature   2.99909e+02   2.96895e+03   3.01054e+05<br>          Pressure (bar)  -1.33618e+02   1.07622e+07  -1.15561e+05<br>           <b>dVpot/dlambda   0.00000e+00   0.00000e+00   0.00000e+00</b><br>

           dEkin/dlambda   0.00000e+00   0.00000e+00   0.00000e+00<br>           dG/dl constr.   0.00000e+00   0.00000e+00   0.00000e+00<br>           Cons. rmsd ()   2.61465e-06   0.00000e+00   0.00000e+00<br>          Cons.2 rmsd ()   2.53555e-06   0.00000e+00   0.00000e+00<br>

                  Vir-XX   5.07625e+04   6.91791e+09   4.59584e+07<br>                  Vir-XY  -4.54422e+02   3.26812e+09  -1.69837e+05<br>                  Vir-XZ  -9.10682e+01   2.94598e+09  -1.51244e+05<br>                  Vir-YX  -4.63023e+02   3.25550e+09  -1.61940e+05<br>

                  Vir-YY   4.16830e+04   5.96310e+09   4.59609e+07<br>                  Vir-YZ  -2.26695e+03   2.57459e+09  -2.05005e+05<br>                  Vir-ZX  -6.48123e+01   2.95810e+09  -1.52941e+05<br>                  Vir-ZY  -2.16991e+03   2.57380e+09  -2.09076e+05<br>

                  Vir-ZZ   4.53636e+04   7.44707e+09   4.55326e+07<br>           Pres-XX (bar)  -4.41344e+02   2.78371e+07  -1.25950e+05<br>           Pres-XY (bar)   8.47194e+00   1.35226e+07   1.22414e+04<br>           Pres-XZ (bar)   2.71928e+00   1.14178e+07   7.83060e+03<br>

           Pres-YX (bar)   9.01445e+00   1.34668e+07   1.17433e+04<br>           Pres-YY (bar)   1.57316e+02   2.43191e+07  -1.19376e+05<br>           Pres-YZ (bar)   1.28780e+02   1.06389e+07   1.06513e+04<br>           Pres-ZX (bar)   1.06321e+00   1.14706e+07   7.93766e+03<br>

           Pres-ZY (bar)   1.22659e+02   1.06387e+07   1.09080e+04<br>           Pres-ZZ (bar)  -1.16825e+02   2.95390e+07  -1.01356e+05<br>           #Surf*SurfTen   2.03398e+02   2.10116e+09   1.72049e+05<br>                    Mu-X  -7.79429e+02   6.48563e+06  -9.72717e+05<br>

                    Mu-Y   1.71887e+01   7.62611e+06  -1.80408e+05<br>                    Mu-Z  -1.81198e+02   1.54752e+07  -3.62600e+05<br>               T-Protein   3.16288e+02   2.42899e+04   3.06235e+05<br>           T-Non-Protein   2.98703e+02   3.43288e+03   3.00672e+05<br>

<br><font color="#888888"><br>
<input type="hidden"><input type="hidden"><div></div>
</font></div><br>-- <br>Best Regards<br>SUNITA GUPTA<br><br>
<input id="gwProxy" type="hidden"><input onclick="jsCall();" id="jsProxy" type="hidden"><div id="refHTML"></div>