Hi Berk.<br><br>Thanks a lot. I did not know that.<br><br>Amit<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 22, 2010 at 11:57 PM, Berk Hess <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx3@hotmail.com">gmx3@hotmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">



<div>
Hi,<br><br>This note is printed when output files will be &quot;large&quot;, large is defined as more than 2 GB.<br>Not writing forces just gets you under this limit.<br><br>Berk<br><br><hr>Date: Mon, 22 Feb 2010 23:52:13 -0800<br>
From: <a href="mailto:kgp.amit@gmail.com" target="_blank">kgp.amit@gmail.com</a><br>To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>Subject: [gmx-users] writing forces in gromacs<div>
<div></div><div class="h5"><br><br>Hi everyone,<div><br></div><div>I had been trying to work with forces of the atoms and stumbled upon something weird. </div><div><br></div><div>In my md.mdp file i ask to write forces with a certain frequency then the grompp shows a seemingly harmless note, the full md.mdp and extract of the grompp.out are as follows :-</div>

<div><br></div><div><div>title               =  Yo</div><div>cpp                 =  /usr/bin/cpp</div><div>constraints         =  none</div><div>integrator          =  md</div><div>dt                  =  0.002<span style="white-space: pre;">        </span>; ps !</div>

<div>nsteps              =  8500<span style="white-space: pre;">        </span>; total 17 ps.</div><div>nstcomm             =  0</div><div>nstxout             =  500</div><div>nstvout             =  500</div>
<div><b>nstfout             =   500</b></div><div>nstlog              =  100</div><div>nstenergy           =  10</div><div>nstlist             =  10</div><div>ns_type             =  grid</div><div>rlist               =  1.3</div>

<div>coulombtype<span style="white-space: pre;">        </span>    =  Reaction-Field-zero</div><div>rcoulomb            =  1.0</div><div>epsilon_rf<span style="white-space: pre;">        </span>    =  0</div>
<div>vdwtype<span style="white-space: pre;">                </span>    =  Shift</div><div>rvdw                =  1.0</div><div>rvdw_switch<span style="white-space: pre;">        </span>    =  0.9</div>
<div>Tcoupl              =  no</div><div>energygrps          =   DPPC SOL</div><div>Pcoupl              =  no</div><div>gen_vel             =  no</div><div>lincs_iter<span style="white-space: pre;">        </span>    =   2</div>

<div><br></div><div><div>Ignoring obsolete mdp entry &#39;title&#39;</div><div>Ignoring obsolete mdp entry &#39;cpp&#39;</div><div>checking input for internal consistency...</div><div>Opening library file /home/hpc-23/vedadi/gromacs-4.0.5/tmp/share/gromacs/top/ffgmx.itp</div>

<div>Opening library file /home/hpc-23/vedadi/gromacs-4.0.5/tmp/share/gromacs/top/ffgmxnb.itp</div><div>Opening library file /home/hpc-23/vedadi/gromacs-4.0.5/tmp/share/gromacs/top/ffgmxbon.itp</div><div>Opening library file /home/hpc-23/vedadi/gromacs-4.0.5/tmp/share/gromacs/top/ff_dum.itp</div>

<div>Generated 1369 of the 2211 non-bonded parameter combinations</div><div>Opening library file /home/hpc-23/vedadi/gromacs-4.0.5/tmp/share/gromacs/top/spc.itp</div><div>Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;DPPC&#39;</div>

<div>Excluding 2 bonded neighbours molecule type &#39;SOL&#39;</div><div>processing coordinates...</div><div>double-checking input for internal consistency...</div><div>renumbering atomtypes...</div><div>converting bonded parameters...</div>

<div>initialising group options...</div><div>processing index file...</div><div>Opening library file /home/hpc-23/vedadi/gromacs-4.0.5/tmp/share/gromacs/top/aminoacids.dat</div><div>Making dummy/rest group for T-Coupling containing 1933647 elements</div>

<div>Making dummy/rest group for Acceleration containing 1933647 elements</div><div>Making dummy/rest group for Freeze containing 1933647 elements</div><div>Making dummy/rest group for VCM containing 1933647 elements</div>

<div>Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 3924894.00</div><div>Making dummy/rest group for User1 containing 1933647 elements</div><div>Making dummy/rest group for User2 containing 1933647 elements</div>

<div>Making dummy/rest group for XTC containing 1933647 elements</div><div>Making dummy/rest group for Or. Res. Fit containing 1933647 elements</div><div>Making dummy/rest group for QMMM containing 1933647 elements</div>
<div>
T-Coupling       has 1 element(s): rest</div><div>Energy Mon.      has 2 element(s): DPPC SOL</div><div>Acceleration     has 1 element(s): rest</div><div>Freeze           has 1 element(s): rest</div><div>User1            has 1 element(s): rest</div>

<div>User2            has 1 element(s): rest</div><div>VCM              has 1 element(s): rest</div><div>XTC              has 1 element(s): rest</div><div>Or. Res. Fit     has 1 element(s): rest</div><div>QMMM             has 1 element(s): rest</div>

<div>Checking consistency between energy and charge groups...</div><div><br></div><div><b>NOTE 1 [file nve.mdp, line unknown]:</b></div><div>  This run will generate roughly 2493 Mb of data</div><div><br></div><div>writing run input file...</div>

<div><br></div><div>There was 1 note</div><div><br></div><div>gcq#197: &quot;I Do It All the Time&quot; (Magnapop)</div><div><br></div><div>                         :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:</div><div><br></div></div>

<div><br></div><div><br></div></div><div>Now when i change nstfout to zero (no printing of forces) the note doesnt show up anymore.</div><div><br></div><div>Also for the case with nstfout = 500 it seems that the forces are being read and written properly, I tried the g_traj tool to see the forces.</div>

<div><br></div><div>Could someone clarify?</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div>Amit Choubey</div><div><br></div>                                               <br></div></div><hr>New Windows 7: Simplify what you do everyday. <a href="http://windows.microsoft.com/shop" target="_blank">Find the right PC for you.</a></div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>