<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>This note is printed when output files will be "large", large is defined as more than 2 GB.<br>Not writing forces just gets you under this limit.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Mon, 22 Feb 2010 23:52:13 -0800<br>From: kgp.amit@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] writing forces in gromacs<br><br>Hi everyone,<div><br></div><div>I had been trying to work with forces of the atoms and stumbled upon something weird.&nbsp;</div><div><br></div><div>In my md.mdp file i ask to write forces with a certain frequency then the grompp shows a seemingly harmless note, the full md.mdp and extract of the grompp.out are as follows :-</div>
<div><br></div><div><div>title &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;Yo</div><div>cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;/usr/bin/cpp</div><div>constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;none</div><div>integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;md</div><div>dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.002<span class="ecxApple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>; ps !</div>
<div>nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;8500<span class="ecxApple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>; total 17 ps.</div><div>nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0</div><div>nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;500</div><div>nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;500</div>
<div><b>nstfout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp; 500</b></div><div>nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;100</div><div>nstenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;10</div><div>nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;10</div><div>ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;grid</div><div>rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1.3</div>
<div>coulombtype<span class="ecxApple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span> &nbsp; &nbsp;= &nbsp;Reaction-Field-zero</div><div>rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.0</div><div>epsilon_rf<span class="ecxApple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span> &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0</div>
<div>vdwtype<span class="ecxApple-tab-span" style="white-space: pre;">                </span> &nbsp; &nbsp;= &nbsp;Shift</div><div>rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.0</div><div>rvdw_switch<span class="ecxApple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span> &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.9</div>
<div>Tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;no</div><div>energygrps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; DPPC SOL</div><div>Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;no</div><div>gen_vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;no</div><div>lincs_iter<span class="ecxApple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span> &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 2</div>
<div><br></div><div><div>Ignoring obsolete mdp entry 'title'</div><div>Ignoring obsolete mdp entry 'cpp'</div><div>checking input for internal consistency...</div><div>Opening library file /home/hpc-23/vedadi/gromacs-4.0.5/tmp/share/gromacs/top/ffgmx.itp</div>
<div>Opening library file /home/hpc-23/vedadi/gromacs-4.0.5/tmp/share/gromacs/top/ffgmxnb.itp</div><div>Opening library file /home/hpc-23/vedadi/gromacs-4.0.5/tmp/share/gromacs/top/ffgmxbon.itp</div><div>Opening library file /home/hpc-23/vedadi/gromacs-4.0.5/tmp/share/gromacs/top/ff_dum.itp</div>
<div>Generated 1369 of the 2211 non-bonded parameter combinations</div><div>Opening library file /home/hpc-23/vedadi/gromacs-4.0.5/tmp/share/gromacs/top/spc.itp</div><div>Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'DPPC'</div>
<div>Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL'</div><div>processing coordinates...</div><div>double-checking input for internal consistency...</div><div>renumbering atomtypes...</div><div>converting bonded parameters...</div>
<div>initialising group options...</div><div>processing index file...</div><div>Opening library file /home/hpc-23/vedadi/gromacs-4.0.5/tmp/share/gromacs/top/aminoacids.dat</div><div>Making dummy/rest group for T-Coupling containing 1933647 elements</div>
<div>Making dummy/rest group for Acceleration containing 1933647 elements</div><div>Making dummy/rest group for Freeze containing 1933647 elements</div><div>Making dummy/rest group for VCM containing 1933647 elements</div>
<div>Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 3924894.00</div><div>Making dummy/rest group for User1 containing 1933647 elements</div><div>Making dummy/rest group for User2 containing 1933647 elements</div>
<div>Making dummy/rest group for XTC containing 1933647 elements</div><div>Making dummy/rest group for Or. Res. Fit containing 1933647 elements</div><div>Making dummy/rest group for QMMM containing 1933647 elements</div><div>
T-Coupling &nbsp; &nbsp; &nbsp; has 1 element(s): rest</div><div>Energy Mon. &nbsp; &nbsp; &nbsp;has 2 element(s): DPPC SOL</div><div>Acceleration &nbsp; &nbsp; has 1 element(s): rest</div><div>Freeze &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; has 1 element(s): rest</div><div>User1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;has 1 element(s): rest</div>
<div>User2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;has 1 element(s): rest</div><div>VCM &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;has 1 element(s): rest</div><div>XTC &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;has 1 element(s): rest</div><div>Or. Res. Fit &nbsp; &nbsp; has 1 element(s): rest</div><div>QMMM &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; has 1 element(s): rest</div>
<div>Checking consistency between energy and charge groups...</div><div><br></div><div><b>NOTE 1 [file nve.mdp, line unknown]:</b></div><div>&nbsp;&nbsp;This run will generate roughly 2493 Mb of data</div><div><br></div><div>writing run input file...</div>
<div><br></div><div>There was 1 note</div><div><br></div><div>gcq#197: "I Do It All the Time" (Magnapop)</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; :-) &nbsp;G &nbsp;R &nbsp;O &nbsp;M &nbsp;A &nbsp;C &nbsp;S &nbsp;(-:</div><div><br></div></div>
<div><br></div><div><br></div></div><div>Now when i change nstfout to zero (no printing of forces) the note doesnt show up anymore.</div><div><br></div><div>Also for the case with nstfout = 500 it seems that the forces are being read and written properly, I tried the g_traj tool to see the forces.</div>
<div><br></div><div>Could someone clarify?</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div>Amit Choubey</div><div><br></div>                                               <br /><hr />New Windows 7: Simplify what you do everyday. <a href='http://windows.microsoft.com/shop' target='_new'>Find the right PC for you.</a></body>
</html>