<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br>I am trying to calculate g_rdf using only the x and y components of the distance (gromacs 4.0.4):<br><br>g_rdf -f trajectory.xtc -s production1.tpr -n index.ndx -o rdf_Na_xy.xvg -com -norm -pbc -xy and the calculations stays at the window:<br><br>Select a group: 1<br>Selected 1: 'UNK'<br>Select a group: 4<br>Selected 4: 'Na'<br>Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 time&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; <br><br>for days...(I had to kill it after 4 days).<br><br>Using the same order without -xy takes only 10 minutes.<br><br>Is there anything wrong with the commands I am using? Or maybe is there a bug in the -xy option?<br><br>Thank you very much for your help, in advance.<br><br>Best wishes,<br><br>Rebeca Garcia.<br><a href="http://serviciosmoviles.es.msn.com/hotmail/movistar.aspx"></a>                                               <br /><hr />¿Quieres tener a tus amigos de Facebook en Messenger? <a href='http://vivelive.com/feedfacebook/' target='_new'> ¡Clic AQUÍ!</a></body>
</html>