<p>Sorry, I want to ask the same question I had a week ago. I need your advice<br>in COM PULL.</p>
<p>This is a part of article which describes methodology &quot;...with respect to<br>the atomic distance between the carbonyl carbon of the substrate and the<br>oxygen atom of the identified nucleophilic water, a constrained MD<br>
simulation was performed to investigate the mechanisms of the approach of<br>the water molecule. This simulation was started by using a harmonic<br>potential as the distance constraint, where the force constant was set to 5<br>
kcal/mol å2. When the atomic distance was not reduced any further, despite<br>the presence of the harmonic potential in the MD simulation (at about 470<br>ps), the force constant was increased up to 200 kcal/mol å2; this was<br>
exploited to mimic the first phase of a nucleophilic attack..all together<br>about 1ns&quot;</p>
<p>and</p>
<p>&quot;The atomic distance is 3.4 A, suggesting that this water molecule acts as a<br>nucleophile in the post-transfer editing reaction..&quot;</p>
<p>I have to reduce distance between oxygen of H2O and carbon during<br>simulation, but H2O must be free enough for revolution around C. Index file<br>is ready for it. This is part of mdp.</p>
<p>; COM PULLING</p>
<p>; Pull type: no, umbrella, constraint or constant_force</p>
<p>pull = umbrella</p>
<p>; Pull geometry: distance, direction, cylinder or position</p>
<p>pull_geometry = distance</p>
<p>; Select components for the pull vector. default: Y Y Y</p>
<p>pull_dim = Y Y Y</p>
<p>; Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)</p>
<p>pull_r1 = 1</p>
<p>; Switch from r1 to r0 in case of dynamic reaction force</p>
<p>pull_r0 = 1.5</p>
<p>pull_constr_tol = 1e-06</p>
<p>pull_start = yes</p>
<p>pull_nstxout = 1</p>
<p>pull_nstfout = 1</p>
<p>; Number of pull groups</p>
<p>pull_ngroups = 1</p>
<p>; Group name, weight (default all 1), vector, init, rate (nm/ps),<br>kJ/(mol*nm^2)</p>
<p>pull_group0 = C</p>
<p>pull_weights0 =</p>
<p>pull_pbcatom0 = 0</p>
<p>pull_group1 = H2O</p>
<p>pull_weights1 =</p>
<p>pull_pbcatom1 = 0</p>
<p>pull_vec1 = 0.0 0.0 1.0</p>
<p>pull_init1 = 3.4</p>
<p>pull_rate1 = 0.02</p>
<p>pull_k1 = 837</p>
<p>pull_kB1 = 837</p>
<p>Is everything ok with pull_vec1, pull_init1, pull_rate1 (if I put 0 atoms<br>will stay without any movement, but I suggest it will cause another result),<br>pull (umbrella is harmonical, constrains - no) and pull_geometry (in the<br>
article was mentioned &quot;distance&quot; instead of &quot;direction&quot;) ???</p>
<p>I did experiments with different changes in parameters...Waiting for your<br>comments. Thanks</p>