<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<br><br>&gt; Date: Wed, 24 Feb 2010 14:46:17 +0100<br>&gt; From: spoel@xray.bmc.uu.se<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] density<br>&gt; <br>&gt; On 2/24/10 2:00 PM, Sander Pronk wrote:<br>&gt; &gt; You got pretty close to what the density of SPC water is at 298K<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; According to "Temperature dependence of TIP3P, SPC, and TIP4P water from<br>&gt; &gt; NPT Monte Carlo simulations: Seeking temperatures of maximum density",<br>&gt; &gt; William L. Jorgensen, Corky Jenson, J. Comp. Chem, Volume 19 Issue 10,<br>&gt; &gt; Pages 1179 - 1186 (1998)<br>&gt; &gt; it should be 0.985g/ml, and TIP4P will give you 1.001g/ml.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Remember that you're simulating SPC water, not real water.<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; Correct, but note that<br>&gt; 1. Jorgensen uses a funky switch function rather than PME (undocumented, <br>&gt; except in my paper JCTC 2 [2006] p. 1)<br>&gt; 2. Monte Carlo iso MD (although that shouldn't make a difference)<br><br>Well, this does make a difference if some interactions are not switched.<br>MC will see the jump in the potential at the cut-off, whereas MD which<br>samples according to the forces does not.<br><br>Berk<br><br>&gt; 3. Long range corrections to the energy, but not to the pressure<br>&gt; in case you want to reproduce his results :).<br>&gt; <br>&gt; Cheers, David,<br>&gt; <br>&gt; &gt; Sander<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; On Feb 24, 2010, at 13:23 , Sunil Thapa wrote:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; Respectable Experts<br>&gt; &gt;&gt; Grettings<br>&gt; &gt;&gt; I am studying diffusion of an oxygen molecule in 255 molecule of SPC<br>&gt; &gt;&gt; water. I need to determine diffusion coefficient at temperature 298 K<br>&gt; &gt;&gt; and 1 atm pressure. In order to do that<br>&gt; &gt;&gt; using editconf I scaled the density of the system including oxygen to<br>&gt; &gt;&gt; 1g/l. I checked the density after energy minimization (steepest<br>&gt; &gt;&gt; descent) which gave the reading of 0.76 g/l. After that I equilibrated<br>&gt; &gt;&gt; the system to pressure of 1 bar and temperature of 298 K using NPT<br>&gt; &gt;&gt; simulation (berendsen). The density reading was 0.98. When I checked<br>&gt; &gt;&gt; the density table at 298 K, it was about 0.9927 g/l.<br>&gt; &gt;&gt; I am afraid if my density is not consistent with experimental density<br>&gt; &gt;&gt; of the system. Is this some bug of gromacs 3.2.1 or my understanding<br>&gt; &gt;&gt; of thermodynamics is very poor for pressure and liquid density. Please<br>&gt; &gt;&gt; help me on this.<br>&gt; &gt;&gt; Should I use the same NPT simulation to derive the experimental<br>&gt; &gt;&gt; diffusion coefficient ?<br>&gt; &gt;&gt; Looking forward to hearing from you<br>&gt; &gt;&gt; Neal, Nepal<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; --<br>&gt; &gt;&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;&gt; &lt;mailto:gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; &gt;&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>&gt; Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>&gt; Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:        +46184714205. Fax: +4618511755.<br>&gt; spoel@xray.bmc.uu.se        spoel@gromacs.org   http://folding.bmc.uu.se<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               <br /><hr />New Windows 7: Find the right PC for you. <a href='http://windows.microsoft.com/shop' target='_new'>Learn more.</a></body>
</html>