Hi ,<br />
     I have a protein with 2 chains. I need to do normal mode analysis on it. As there are no <br />
covalent bonds between the two chains, I did not use the "merge" option in the "pdb2gmx" <br />
command. <br />
I am trying to energy minimize the structure , in vaccum.( in double precision) , but  am not <br />
able to get the Fmax below e-02. i have tried using the "l-bgs" minimization technique. <br />
The lbfgs.mdp file is as follows<br />
define                   = -DFLEXIBLE<br />
constraints              = none<br />
integrator               = l-bfgs<br />
tinit                    = 0<br />
nsteps                   = 10000<br />
nbfgscorr                = 10<br />
emtol                    = .001<br />
emstep                   = 0.5<br />
gen_vel                  = no<br />
gen-temp                 = 300<br />
nstcomm                  =  1<br />
ns_type                  =  grid<br />
rlist                    =  1.2<br />
rcoulomb                 =  1.2<br />
rvdw                     =  1.0<br />
Tcoupl                   =  no<br />
Pcoupl                   =  no<br />
coulombtype              =  PME<br />
vdwtype                  =  shift<br />
<br />
The minimization continues up to the specified no. of steps. When I try to give another <br />
minimization run on the minimized structure, the Fmax goes upto the order "e+00".<br />
<br />
I am not being able to figure out the problem. <br />
Any suggestion regarding this will be very helpful. <br />
Thanks in advance<br />
Sarbani.<br />
<br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table>