Dear All,<br><br>I would like to ask for your help to my
problem dealing with making topology file for ligand with OPLS-AA
forcefield by following TutorialAcpypi4GromacsOPLS.<br><br>Now, let me show you my steps:<br>
- Getting my ligand.pdb file from PDB<br>- Adding all hydrogen by PRODRG2.5 Server with GROMOS 87 forcefield, full charges, no EM, full chirality<br>- Using antechamber to convert ligand.pdb to ligand_bcc.pdb <br>(antechamber -i ligand.pdb -fi pdb -o ligand_bcc.pdb -fo pdb -c bcc)<br>

- Running ACPYPI (acpypi -i ligand_bcc.pdb), then obtaining folder
ligand_bcc.acpypi, including my wanted file: ligand_bcc_GMX_OPLS.itp.<br><br>However, some problems occured:<br>    17 opls_x     1   MOL   O24   17    -0.447600      0.00000 ; qtot -0.186  x   <br>
    22 opls_x     1   MOL    C4   22    -0.147400      0.00000 ; qtot -0.168  x   <br>It
seems that OPLS-AA forcefield does not recognize what Amber forcefield
have assigned for this atomtype/bondtype. Then, it stopped me there
from running the next steps in order to perform modeling dynamics
simulation of protein-ligand complex in Gromacs with OPLS-AA forcefield.<br>
<br>Could you please help me to solve this problem?<br><br>I really hope to hear from you soon!<br><br>Thanks in advances!