Hi,<br />
  I am trying to do normal mode analysis on a protein having 6398 atoms in vaccum.<br />
<br />
I tried to energy minimize the structure using steepest descent, followed by "l-bfgs" <br />
minimization. the .mdp file I used is<br />
<br />
define                   = -DFLEXIBLE<br />
constraints              = none<br />
integrator               = l-bfgs<br />
tinit                    = 0<br />
nsteps                   = 15000<br />
nbfgscorr                = 50<br />
emtol                    = .001<br />
emstep                   = 0.1<br />
gen_vel                  = yes<br />
gen-temp                 = 300<br />
nstcomm                  =  1<br />
; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<br />
; nblist update frequency<br />
nstlist                  = 0<br />
; ns algorithm (simple or grid)<br />
ns-type                  = simple<br />
; Periodic boundary conditions: xyz (default), no (vacuum)<br />
; or full (infinite systems only)<br />
pbc                      = no<br />
; nblist cut-off<br />
rlist                    = 0<br />
domain-decomposition     = no<br />
; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br />
; Method for doing electrostatics<br />
coulombtype              = Cut-Off<br />
rcoulomb-switch          = 0<br />
rcoulomb                 = 0<br />
; Dielectric constant (DC) for cut-off or DC of reaction field<br />
epsilon-r                = 1<br />
; Method for doing Van der Waals<br />
vdw-type                 = Cut-off<br />
; cut-off lengths<br />
rvdw-switch              = 0<br />
rvdw                     = 0<br />
<br />
<br />
after running the 15000 steps the Fmax was:<br />
Low-Memory BFGS Minimizer converged to Fmax < 0.001 in 10197 steps<br />
Potential Energy  = -8.26391832320506e+04<br />
Maximum force     =  9.37558560558845e-04 on atom 4562<br />
Norm of force     =  2.24887722104890e-04<br />
<br />
<br />
Again the "l-bfgs" minimization was run using the same .mdp file( with emtol = 0.000001)<br />
<br />
the output was'<br />
Low-Memory BFGS Minimizer converged to Fmax < 1e-06 in 4143 steps<br />
Potential Energy  = -8.26391832324998e+04<br />
Maximum force     =  9.67927896882578e-07 on atom 3271<br />
Norm of force     =  1.70637151528245e-07<br />
<br />
<br />
<br />
After this I prepared the "nm.mdp " file for NMA, where I used exactly the same parameters <br />
as the ones used in lbfgs energy minimization( with integrator = nm)<br />
<br />
the commands that were used were:<br />
grompp_d -f new_nm.mdp -t new_lbfgs_2.trr -c new_lbfgs_2.gro -o new_nm.tpr -zero -p <br />
../topol.top<br />
<br />
nohup mdrun_d -v -s new_nm.tpr -deffnm new_nm -mtx new_nm.mtx &<br />
<br />
<br />
"nohup.out" had the following message:<br />
Non-cutoff electrostatics used, forcing full Hessian format.Allocating Hessian <br />
memory...starting normal mode calculation 'Protein'6398 steps.Maximum force: 9.67928e-<br />
07<br />
<br />
<br />
The run ended successfully:<br />
<br />
Then i used the command <br />
g_nmeig_d -f new_nm.mtx -s new_nm.tpr -ol eigenvalue.xvg -v eigenvector.trr<br />
<br />
I get the following error:<br />
Reading file new_nm.tpr, VERSION 4.0.7 (double precision)<br />
Reading file new_nm.tpr, VERSION 4.0.7 (double precision)<br />
Reading double precision matrix generated by Gromacs VERSION 4.0.7<br />
Full matrix storage format, nrow=19194, ncols=19194<br />
<br />
Diagonalizing to find vectors 1 through 50...<br />
g_nmeig_d(1892) malloc: *** mmap(size=18446744072353271808) failed (error code=12)<br />
*** error: can't allocate region<br />
*** set a breakpoint in malloc_error_break to debug<br />
<br />
I am not being able to understand the problem. the computer  has a 16gb memory<br />
<br />
<br />
<br />
If I use different parameters in the nm.mdp file as<br />
<br />
rlist                    = 1.5<br />
domain-decomposition     = no<br />
; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br />
; Method for doing electrostatics<br />
coulombtype              = switch<br />
rcoulomb-switch          = 1<br />
rcoulomb                 = 1.2<br />
; Dielectric constant (DC) for cut-off or DC of reaction field<br />
epsilon-r                = 1<br />
; Method for doing Van der Waals<br />
vdw-type                 = switch<br />
; cut-off lengths<br />
rvdw-switch              = 1<br />
rvdw                     = 1.2<br />
<br />
<br />
then i get the message :Maximum force: 3.14171e+03<br />
Maximum force probably not small enough to ensure that you are in an<br />
energy well. Be aware that negative eigenvalues may occur when the<br />
resulting matrix is diagonalized.<br />
<br />
<br />
I am sorry to post such a lengthy  query, but I have no clue about the root of the problem.<br />
Any suggestion  will be of great help.<br />
Thanks in advance,<br />
Sarbani. <br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table>