<blockquote class="gmail_quote" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex; ">
Hi Mark,<div><br></div><div>I quoted the memory usage requirements from a presentation by Berk Hess, Following is the link to it</div></blockquote><div><br></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; border-collapse: collapse; font-size: 17px; white-space: pre; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; "><a href="http://www.csc.fi/english/research/sciences/chemistry/courses/cg-2009/berk_csc.pdf">http://www.csc.fi/english/research/sciences/chemistry/courses/cg-2009/berk_csc.pdf</a></span></div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex; ">
<div>l. In that presentation on pg 27,28 Berk does talk about memory usage but then I am not sure if he referred to any other specific thing.</div><div><br></div><div>My system only contains SPC water. I want Berendsen T coupling and Coulomb interaction with Reaction Field.</div>
<div><br></div><div>I just want a rough estimate of how big of a system of water can be simulated on our super computers.</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div><br></div><font color="#888888"><div>Amit</div></font></blockquote>
<br><div class="gmail_quote">On Fri, Feb 26, 2010 at 3:56 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div class="im">----- Original Message -----<br>
From: Amit Choubey &lt;<a href="mailto:kgp.amit@gmail.com">kgp.amit@gmail.com</a>&gt;<br>
</div><div class="im">Date: Saturday, February 27, 2010 10:17<br>
Subject: Re: [gmx-users] gromacs memory usage<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
<br>
</div><div class="im">&gt; Hi Mark,<br>
&gt; We have few nodes with 64 GB memory and many other with 16 GB of memory. I am attempting a simulation of around 100 M atoms.&gt;<br>
<br>
</div><div class="im">Well, try some smaller systems and work upwards to see if you have a limit in practice. 50K atoms can be run in less than 32GB over 64 processors. You didn&#39;t say whether your simulation system can run on 1 processor... if it does, then you can be sure the problem really is related to parallelism.<br>

<br>
&gt; I did find some document which says one need (50bytes)*NATOMS on master node, also one needs<br>
&gt;  (100+4*(no. of atoms in cutoff)*(NATOMS/nprocs) for compute nodes. Is this true?&gt;<br>
<br>
</div>In general, no. It will vary with the simulation algorithm you&#39;re using. Quoting such without attributing the source or describing the context is next to useless. You also dropped a parenthesis.<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
Mark<br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>