Hi Tsjerk,<br><br>My gromacs is 4.0.4.<br><br>As it turns out, I do not have a CRYST1 keyword in my pdb file, so I guess the box is not defined yet. The pdb was taken from the trajectory of AMBER simulation, so it starts with the keyword &quot;REMARK&quot;. How do I include box dimensions in pdb file then? Just add &quot;CRYST1 24 24 24&quot; in the first line? By the way is it CRYST1 or CRYSTL?<br>
<br>And the command I was running was &quot;g_mindist -f 1001.pdb -n 1001.ndx -od 1001_C&quot;.<br><br>Dian<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 4, 2010 at 12:38 AM, Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi Dian,<br>
<br>
Which version of gromacs are you using? Can you assert that the pdb<br>
file has the correct box? It should have a line starting with CRYST1<br>
(grep &quot;^CRYST1&quot; file.pdb). Some versions of gromacs (3.3.2  I think)<br>
didn&#39;t write the CRYST1 record, and thus disallow PBC related<br>
operations.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Thu, Mar 4, 2010 at 8:08 AM, Dian Jiao &lt;<a href="mailto:oscarjiao@gmail.com">oscarjiao@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; The box is 24X24X24 (Angstrom). The dummy atom I added at the end is about<br>
&gt; 31 A away from the closest water in the box. But if it is periodic,<br>
&gt; shouldn&#39;t there be waters near the dummy too?<br>
&gt;<br>
&gt; On Wed, Mar 3, 2010 at 10:29 PM, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On 4/03/2010 11:30 AM, Dian Jiao wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Hi Gromacs users,<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I was trying to compute minimum distance between groups in a cubic water<br>
&gt;&gt;&gt; box with g_mindist using periodic boundary condition. In order to test<br>
&gt;&gt;&gt; this, I added one more &quot;atom&quot; which is far away from any of the other<br>
&gt;&gt;&gt; atoms in the pdb file. The mindist between that atom and all the waters<br>
&gt;&gt;&gt; were computed. The output of g_mindist is 3.089281e+00. (the unit is nm,<br>
&gt;&gt;&gt; right?)<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; You haven&#39;t said how big your box is, or how far &quot;far away&quot; is, so we<br>
&gt;&gt; can&#39;t tell whether you think 3nm is too big, too small, etc.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; The manual shows that pbc is one of the option of g_mindist, but isn&#39;t<br>
&gt;&gt;&gt; the default &quot;yes&quot;? I even tried with &quot;-pbc&quot; in the command, still did<br>
&gt;&gt;&gt; not work. Can anyone tell me how to turn on PBC in g_mindist?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; See g_mindist -h. The -pbc flag turns PBC on, -nopbc turns it off.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Mark<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
&gt;&gt; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</div></div>&gt; --<br>
<div class="im">&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
</div><font color="#888888">--<br>
Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
<br>
Computational Chemist<br>
Medicinal Chemist<br>
Neuropharmacologist<br>
</font><div><div></div><div class="h5">--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>