Dear Sir <br><div class="gmail_quote"><br>I am doing a coarse grain MD of a membrane protein using Martini force field and parameters  . In course I am facing problem in understanding &quot; how the harmonic
restraints will be applied to mimic secondary structure H- Bonds of the
atomic structure to the coarse grain model to maintain secondary structure element &quot; . Is this will be specified
in the &#39;mdp&#39; file .<br> <br><br>Thanks &amp; Regards <br><font color="#888888">Ajeeta <br>
</font></div><br>