<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear gmx users,<br><br>I am studying the adsorption behavior of a molecule ( molecule 1) on a surface (molecules 2). Based on the production run, I calculated the interaction energy between molecule 1 and molecules 2 by g_energy. <br>Here comes the first question: Why only short range interactions between 1 and 2 are displayed, namely, Coul_SR and LJ_SR? So the interaction energy E 1_2 I calculated is just the sum of Coul_SR+LJ_SR. Will this bring about huge errors?<br><br>After this, I'd like to know the individual contributions of the components of molecule 1&nbsp; to the interaction energy between 1 and 2. For example, molecule 1 is composed of A, B, C and D resdues. So again, by g_energy, I got interaction energy between A, B, C and D with 2, respectively, denoted by E A_2, E B_2, E c_2 and E D_2. Still, these interaction energies are the sum of 
 Coul_SR+LJ_SR.<br>Then comes the second question: Why the sum of E A_2, E B_2, E c_2 and E D_2 does not equal to E 1_2? I found there was big difference between them, sometimes as large as 50 kJ/mol. <br><br>Could anybody give me some hints or suggestions please?<br><br>Thank you very much in advance!<br><br><br></td></tr></table><br>