Hi ,<br />
    I had installed gromacs4.0.7 in double preicision in 64 bit Mac 10.6.1 computer with 8 <br />
dual core processors.<br />
<br />
1) I installed the fftw-3.0.1 in the following way<br />
<br />
( in the directory)<br />
        ./configure --enable float<br />
        sudo make sudo make install<br />
        make distclean<br />
      ./configure --enable-threads<br />
       make<br />
      make install<br />
<br />
2) I installed gromacs as <br />
             ./configure --disable-float<br />
             sudo make <br />
             sudo make install<br />
<br />
3) I installed lam-7.1.4 as<br />
   ./configure --prefix=/usr/local/lam --without-fc<br />
    sudo make<br />
 sudo make install<br />
<br />
After that I went back to the gromacs directory<br />
 and did<br />
     make clean<br />
    ./configure --enable-mpi --program-suffix=_mpi<br />
 make mdrun<br />
 sudo make install -mdrun<br />
<br />
In this way I couldn't get mdrun_mpi_d. However I read from the revision notes that grompp <br />
and mdrun can run in parallel by themselves.( "-np" option is not there in grompp_d)<br />
<br />
<br />
However when I give the commands <br />
grompp_d  -f em.mdp -c solvated.gro -o em.tpr -zero<br />
lamboot<br />
nohup mpirun -np 8 mdrun_d -v -s em.tpr -deffnm em &<br />
<br />
the md.log file says nnodes=1. the simulation is not running in parallel.<br />
<br />
Where have I gone wrong?<br />
Any suggestion will be of great help.<br />
Thanks in advance.<br />
Sarbani<br />
       <br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table>