Try this:<br><br>trjconv -pbc mol -ur compact<br><br>And maybe you will find some useful answers here:<br><br><a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Periodic_Boundary_Conditions" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Periodic_Boundary_Conditions</a><br>

<br>I hope it helps<br><br><br>-- <br>Maurício Menegatti Rigo<br>Núcleo de Bioinformática do Laboratório de Imunogenética<br>Departamento de Genética<br>Instituto de Biociências<br>Universidade Federal do Rio Grande do Sul <br>