<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><pre style="margin: 0em;">Hi dear Mark,<br><br>Thank you very much for your reply! <br><br>Yes, you are right that I should have stated the gromacs version in my first <br>mail. I am sorry that I did not notice this issue. I will pay attention <br>to this next time.<br><br>As for the electrostatic interaction energy in the long range, I <br>am afraid that I have some different opinion which I am not sure <br>if it is correct or not. I think for some systems with strong <br>electrostatic interaction, for example, the interaction between a <br>Rutile (TiO2) surface and a protein, it seems that the electrostatic <br>interaction energy in the long range plays a very important role in <br>the total interaction energy as one of my colleagues shows. In such <br>cases, I think the electrostatic interaction energy in the long <br>range can not be neglected. What is your
 opinion please?<br><br>And I think I understand now <tt>"the reciprocal-space <br></tt><tt>calculation cannot be decomposed group-wise."</tt> Maybe a better way <br>to overcome this is using the formula:<br><br>E_interact=E_tot(1-2)-E_tot(1)-E_tot(2)<br><br>Do you agree with this?<br><br>I am highly appreciative for all your help! <br><br>Qiong <br> <br><br><br>On 9/03/2010 9:32 PM, Qiong Zhang wrote:<br></pre><blockquote style="border-left: 0.2em solid rgb(85, 85, 238); margin: 0em; padding-left: 0.85em;"><pre style="margin: 0em;"><br><br>  Hi gmx users,<br><br>I found the big discrepancy between the interaction energy I got from my<br>first approach and send approach should be ascribed to a bug reported here:<br><br><a rel="nofollow" href="http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg20963.html">http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg20963.html</a><br><br>The gromacs I am using now is exactly gmx4.0.4. I also reran with
 a<br>parallel version and the energies never changed during the rerun stage.<br></pre></blockquote><tt>Well that's why we tell people to report their GROMACS version. :-) 
</tt><tt>Using the latest version, and announcing what you are using can help you 
</tt><tt>avoid wasting people's time :-)
</tt><blockquote style="border-left: 0.2em solid rgb(85, 85, 238); margin: 0em; padding-left: 0.85em;"><pre style="margin: 0em;">Still, the discrepancy in the energies between the second approach and<br>the third approach is still puzzled to me. Which one is the correct way<br>of calculating interaction energy?<br><br></pre></blockquote><tt>Like I said last time, you can't do this with PME. The reciprocal-space 
</tt><tt>calculation cannot be decomposed group-wise. Go read up on PME if you 
</tt><tt>don't understand this.
</tt><tt>Also last time I pointed out this was a non-problem, for such an 
</tt><tt>interaction energy doesn't mean much of anything anyway, even if you 
</tt><tt>calculate it with some other electrostatics model.
</tt><pre style="margin: 0em;">Mark<br><br></pre><pre style="margin: 0em;">  [gmx-users] Re:problem with interaction energy calculated by g_energy<br><br>Qiong Zhang<br>Tue, 09 Mar 2010 01:17:02 -0800<br><br><br><br>Hi dear Mark,<br><br><br><br>Please ignor my last mail replied to you. I made some mistake there.<br><br><br><br>Yes, you are right that I am using PME. The cutoff for the real space and<br>reciprocal space is 1.2nm.<br><br><br><br>The molecules I am simulating are carbohydrates. And I am using Glycam06 Force<br>Field.<br><br><br><br>I tried there<br>different ways to calculate the interaction energy:<br><br><br><br>The first approach is analyzed by directly using g_energy, summing up Coul_SR<br>and LJ_SR of two groups, since in the .mdp file I have defined in energygrps 1<br>2.<br><br>The interaction energy between 1 and 2 (E 1_2) = E<br>Coul_SR + E LJ_SR =-170.048+(-232.719)=-402.767 kJ/mol<br><br><br><br>The second approach is<br>using
 "mdrun -rerun" option with the exactly the same energygrps 1 2 defined<br>in .mdp, the same traj.xtc and the same index. Weird enough, this time, I got<br>interaction<br>energy between 1 and 2<br>  (E 1_2) = E Coul_SR + E LJ_SR<br>= -91.5234 + (-238.712) = -330.235 kJ/mol, which is quite far from the<br>previously -402.767 kJ/mol!!!! But this -330.235 kJ/mol is the exact sum of the<br>contributions of subunits. The contributions of subunits are also calculated in<br>this approach with rerun. So the discrepancy I reported in my first mail is<br>solved.<br><br><br><br>But what is the reason for the huge discrepancy between<br>the interaction energy from the original run and the “rerun”?? I think they<br>should be exactly the same.<br><br><br><br>The third approach, in order to include the long range interaction, I've also<br>tried "mdrun -rerun" option with three<br>"reruns" carried out for molecule 1(1st), molecules 2 (2nd) and<br>molecule 1 and 2
 (3rd). The interaction energy for molecule 1 and 2 is now<br>calculated by:<br><br><br><br>[Coul(SR+recip)+LJ(SR+Disper. corr.)]_3rd - [Coul(SR+recip)+LJ(SR+Disper.<br>corr.)]_2nd -<br>  [Coul(SR+recip)+LJ(SR+Disper. corr.)]_1st<br><br>=Delta(Coul_SR)+Delta(Coul_recip)+Delta(LJ_SR)+Delta(LJ_Disper.corr.)<br><br>=(-128.73) + (-30.33) +( -252.021) + (-39.9) = -450.217 kJ/mol<br><br><br><br>If we neglect the long-range interactions, namely, Delta(Coul_recip) and<br>Delta(LJ_Disper.corr.),<br>we got the interaction energy -128.73<br>-252.021= -380.751 kJ/mol. We see here the long-range<br>contribution is not negligible. However, this short range energy -380.751<br>kJ/mol is neither close to the -330.235 kJ/mol nor -402.767 kJ/mol.<br><br><br><br>So Now I am confused. Which approach should be really<br>adopted in the calculation of interaction energy? And what approach do you use<br>in such interaction energy calculations?<br><br><br><br>Thank you very
 much!<br><br><br><br>Qiong<br><br></pre></td></tr></table><br>