<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; ">Message: 1<br>

Date: 8 Mar 2010 11:49:40 -0000<br>From: &quot;sarbani chattopadhyay&quot; &lt;<a href="mailto:sarbani_c84@rediffmail.com" style="color: rgb(17, 37, 8); ">sarbani_c84@rediffmail.com</a>&gt;<br>Subject: [gmx-users] mdrun_d not running in parallel<br>

To: &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" style="color: rgb(17, 37, 8); ">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Message-ID: &lt;<a href="mailto:20100308114940.35527.qmail@f5mail-236-242.rediffmail.com" style="color: rgb(17, 37, 8); ">20100308114940.35527.qmail@f5mail-236-242.rediffmail.com</a>&gt;<br>

Content-Type: text/plain; charset=&quot;utf-8&quot;</span><br>
Hi ,<br>
    I had installed gromacs4.0.7 in double preicision in 64 bit Mac 10.6.1 computer with 8<br>
dual core processors.<br>
<br>
1) I installed the fftw-3.0.1 in the following way<br>
<br>
( in the directory)<br>
        ./configure --enable float<br>
        sudo make sudo make install<br>
        make distclean<br>
      ./configure --enable-threads<br>
       make<br>
      make install<br>
<br>
2) I installed gromacs as<br>
             ./configure --disable-float<br>
             sudo make<br>
             sudo make install<br>
<br>
3) I installed lam-7.1.4 as<br>
   ./configure --prefix=/usr/local/lam --without-fc<br>
    sudo make<br>
 sudo make install<br>
<br>
After that I went back to the gromacs directory<br>
 and did<br>
     make clean<br>
    ./configure --enable-mpi --program-suffix=_mpi<br>
 make mdrun<br>
 sudo make install -mdrun<br>
<br>
In this way I couldn&#39;t get mdrun_mpi_d. However I read from the revision notes that grompp<br>
and mdrun can run in parallel by themselves.( &quot;-np&quot; option is not there in grompp_d)<br>
<br>
<br>
However when I give the commands<br>
grompp_d  -f em.mdp -c solvated.gro -o em.tpr -zero<br>
lamboot<br>
nohup mpirun -np 8 mdrun_d -v -s em.tpr -deffnm em &amp;<br>
<br>
the md.log file says nnodes=1. the simulation is not running in parallel.<br>
<br>
Where have I gone wrong?<br>
Any suggestion will be of great help.<br>
Thanks in advance.<br>
Sarbani<br>
---------------------------------------------------------------------------------------------------</blockquote><div> </div><div>Try </div><div>first installing the fftw with the option of --enable-mpi,</div><div>as u  did for gromacs.</div>

<div>then again install the gromacs with options same as before.</div><div><br></div><div>Sarath Kumar B,</div><div>Research Scholar,</div><div>Centre for Biotechnology, </div><div>Anna University.</div></div>