done, bug #402<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 9, 2010 at 11:44 AM, David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div class="im">On 2010-03-09 20.01, Joe Joe wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I also just tried on a different ALA and got the same problem.<br>
</blockquote>
<br></div>
can you please submit a bugzilla and upload files to reproduce the problem?<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
<br>
Ilya<br>
<br>
<br>
On Tue, Mar 9, 2010 at 10:58 AM, Joe Joe &lt;<a href="mailto:ilchorny@gmail.com" target="_blank">ilchorny@gmail.com</a><br></div><div class="im">
&lt;mailto:<a href="mailto:ilchorny@gmail.com" target="_blank">ilchorny@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
    I am looking the the gmxdump output and everything seems consistent.<br>
    The only difference is that the numbering in the index file starts<br>
    at 1 whereas in the gmxdump the arrays are indexed starting at 0.<br>
    The coordinates look just fine.<br>
<br>
    Thanks,<br>
<br>
    Ilya<br>
<br>
<br>
<br>
    On Tue, Mar 9, 2010 at 10:30 AM, Joe Joe &lt;<a href="mailto:ilchorny@gmail.com" target="_blank">ilchorny@gmail.com</a><br></div><div class="im">
    &lt;mailto:<a href="mailto:ilchorny@gmail.com" target="_blank">ilchorny@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
        I  trjconv/ed xtc to pdb and loaded into vmd. The coordinates<br>
        looked fine.<br>
<br>
        I also<br>
<br>
        tpbconv/ed topol.tpr to topol_subset.tpr.<br>
<br>
        then I<br>
<br>
        editconf/ed topol_subset.tpr to gro and looked at the<br>
        coordinates. Index file matched and structure looked whole in vmd.<br>
<br>
        I will try the gmxdump<br>
<br>
        Thanks,<br>
<br>
        Ilya<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
        On Tue, Mar 9, 2010 at 10:22 AM, David van der Spoel<br></div><div><div></div><div class="h5">
        &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
            On 2010-03-09 19.16, Joe Joe wrote:<br>
<br>
                yep.<br>
<br>
            Have you gmxdump/ed the xtc to check the coordinates are right?<br>
<br>
<br>
                On Tue, Mar 9, 2010 at 10:15 AM, David van der Spoel<br>
                &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>
                &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>
                &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
                    On 2010-03-09 19.09, Joe Joe wrote:<br>
<br>
                        Hi I am trying to post process and xtc<br>
                trajectory using g_dist. I am<br>
                        trying to calculate the CA-CB distance of an<br>
                Alanine residue but<br>
                        I get<br>
                        NAN in all the distance columns. It works for<br>
                the other residues<br>
                        I&#39;ve<br>
                        tried (i.e. SER, VAL). I am using vsites in my<br>
                simulation and I<br>
                        think it<br>
                        may have some thing to do with the way gromacs<br>
                outputs the CB<br>
                        positions<br>
                        in the xtc file when the CB is part of the vsite<br>
                network. Any<br>
                        thoughs?<br>
<br>
                        Thanks,<br>
<br>
                        Ilya<br>
<br>
                    Are you sure your index file matches the xtc/tpr?<br>
<br>
                    --<br>
                    David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
                    Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
                    Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:  +46184714205.<br>
                <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br></div></div>
                &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt;<div><div></div><div class="h5">
<br>
<br>
                <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
                    --<br>
                    gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
                &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
                &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
                &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>
<br>
                <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
                    Please search the archive at<br>
                <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
                    posting!<br>
                    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the<br>
                list. Use the www<br>
                    interface or send it to<br>
                <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
                &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
                &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
                &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
<br>
                    Can&#39;t post? Read<br>
                <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
            --<br>
            David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
            Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
            Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:  +46184714205.<br>
            <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>
            <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
            --<br>
            gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
            &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
            <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
            Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
            before posting!<br>
            Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use<br>
            the www interface or send it to<br>
            <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
            &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
            Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
<br>
-- <br>
David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:  +46184714205.<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>    <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>