I am looking the the gmxdump output and everything seems consistent. The only difference is that the numbering in the index file starts at 1 whereas in the gmxdump the arrays are indexed starting at 0. The coordinates look just fine.<div>
<br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Ilya</div><div><br><div><br></div><div><br><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 9, 2010 at 10:30 AM, Joe Joe <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ilchorny@gmail.com">ilchorny@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">I  trjconv/ed xtc to pdb and loaded into vmd. The coordinates looked fine. <div><br></div><div>I also </div><div><br></div>
<div>tpbconv/ed topol.tpr to topol_subset.tpr.</div><div><br></div><div>then I </div><div><br></div>
<div>editconf/ed topol_subset.tpr to gro and looked at the coordinates. Index file matched and structure looked whole in vmd. </div><div><br></div><div>I will try the gmxdump</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br>

</div><div>Ilya</div><div><div></div><div class="h5"><div><br></div><div><br></div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 9, 2010 at 10:22 AM, David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">On 2010-03-09 19.16, Joe Joe wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
yep.<br>
</blockquote>
Have you gmxdump/ed the xtc to check the coordinates are right?<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>
<br>
On Tue, Mar 9, 2010 at 10:15 AM, David van der Spoel<br></div><div>
&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
    On 2010-03-09 19.09, Joe Joe wrote:<br>
<br>
        Hi I am trying to post process and xtc trajectory using g_dist. I am<br>
        trying to calculate the CA-CB distance of an Alanine residue but<br>
        I get<br>
        NAN in all the distance columns. It works for the other residues<br>
        I&#39;ve<br>
        tried (i.e. SER, VAL). I am using vsites in my simulation and I<br>
        think it<br>
        may have some thing to do with the way gromacs outputs the CB<br>
        positions<br>
        in the xtc file when the CB is part of the vsite network. Any<br>
        thoughs?<br>
<br>
        Thanks,<br>
<br>
        Ilya<br>
<br>
    Are you sure your index file matches the xtc/tpr?<br>
<br>
    --<br>
    David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
    Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
    Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:  +46184714205.<br></div>
    <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<div><br>
    <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
    --<br>
    gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div><br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
    posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
</div></blockquote><div><div></div><div>
<br>
<br>
-- <br>
David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:  +46184714205.<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>    <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>