<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>GMX 3 called cpp, GMX 4 uses its own cpp. I guess gmxcpp does not support this.<br>This is indeed a useful feature.<br>I have cc'ed David to ask if he can implement this.<br><br>Berk<br><br>&gt; From: x.periole@rug.nl<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Date: Thu, 11 Mar 2010 17:00:33 +0100<br>&gt; Subject: [gmx-users] defining value in the mdp file<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Dears,<br>&gt; <br>&gt; I used to define values in the mdp file that are used in the  <br>&gt; topology.  See below<br>&gt; for an example. This is a way to easily make changes in the topology.<br>&gt; <br>&gt; This was perfectly working in gmx331/333 but is not working anymore in  <br>&gt; gmx407.<br>&gt; The value is clearly not passed along when processing the topology  <br>&gt; with grompp.<br>&gt; <br>&gt; Typically if the "value" is used in the reference value of a bond  <br>&gt; definition I get the<br>&gt; classic error message that there is no default value for the bond.<br>&gt; <br>&gt; I can't understand where the problem comes from.<br>&gt; <br>&gt; I run both gmx version on the same computer in case it matters.<br>&gt; <br>&gt; Any suggestion would be appreciated.<br>&gt; <br>&gt; XAvier.<br>&gt; <br>&gt; exemple of use:<br>&gt; <br>&gt; in the mdp file:<br>&gt; define   =  -DRR=6.0<br>&gt; <br>&gt; in the topology:<br>&gt; [ bonds ]<br>&gt; ...<br>&gt; 200 204   1     RR     5000<br>&gt; ...<br>&gt; <br>&gt;   <br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               <br /><hr />New Windows 7: Find the right PC for you. <a href='http://windows.microsoft.com/shop' target='_new'>Learn more.</a></body>
</html>