<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>mdrun prints the field strength to the file at every step.<br>If your field is constant, this is completely useless, since&nbsp; it will just print<br>your input values every step.<br><br>You can make the file optional by a small change in src/mdlib/simutil.c:<br>--- a/src/mdlib/sim_util.c<br>+++ b/src/mdlib/sim_util.c<br>@@ -1295,7 +1295,8 @@ void init_md(FILE *fplog,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; }<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; }<br><br>-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; if ((fp_field != NULL) &amp;&amp; (ir-&gt;ex[XX].n || ir-&gt;ex[YY].n ||ir-&gt;<br>ex[ZZ].n))<br>+&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; if ((fp_field != NULL) &amp;&amp; opt2bSet("-field",nfile,fnm) &amp;&amp;<br>+&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (ir-&gt;ex[XX].n || ir-&gt;ex[YY].n ||ir-&gt;ex[ZZ].n))<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; {<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; if(Flags &amp; MD_APPENDFILES)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; {<br><br>I made this change for the next release.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Thu, 11 Mar 2010 13:03:20 +0600<br>From: ddubov@ngs.ru<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] huge field.xvg output<br><br>


<title>huge field.xvg output</title>


<style>
.ExternalClass
{background-color:#ffffff;}
.ExternalClass hr
{color:#000000;}
.ExternalClass, .ExternalClass table
{font-size:9pt;font-family:'Courier New';font-style:normal;font-weight:normal;color:#000000;text-decoration:none;}
.ExternalClass span.ecxrvts1
{font-size:10pt;font-family:'Arial';font-weight:bold;color:#0000ff;}
.ExternalClass span.ecxrvts2
{font-size:10pt;font-family:'Arial';font-weight:bold;color:#000080;}
.ExternalClass span.ecxrvts3
{font-size:10pt;font-family:'Arial';font-style:italic;color:#800000;}
.ExternalClass a.ecxrvts4, .ExternalClass span.ecxrvts4
{font-size:10pt;font-family:'Arial';color:#008000;text-decoration:underline;}
.ExternalClass a.ecxrvts5, .ExternalClass span.ecxrvts5
{font-size:10pt;font-family:'Arial';color:#008000;text-decoration:underline;}
.ExternalClass span.ecxrvts6
{font-size:8pt;font-family:'arial';font-style:italic;color:#c0c0c0;}
.ExternalClass a.ecxrvts7, .ExternalClass span.ecxrvts7
{font-size:8pt;font-family:'arial';color:#0000ff;text-decoration:underline;}
.ExternalClass p, .ExternalClass ul, .ExternalClass ol
{text-align:left;text-indent:0px;padding:0px 0px 0px 0px;}
.ExternalClass .ecxrvps1
{text-align:center;}
</style>



Dear GMX'ers,<BR>
<br><BR>
I'm watching electric field effect to small systems (~20 atoms). Simulations are rather long, about 200 ns, and the output is infrequent. Without electric fiels all is right. But when applying small field by the line in mdp-file:<BR>
<br><BR>
E-x = 1 0.1 0.1<BR>
<br><BR>
my output includes huge (more than 60Gb) file "field.xvg". I failed to find its description in manual. What is the purpose of this output, and how can I reduce its size?<BR>
<br><BR>
Thanks,&nbsp;<BR>
<span class="ecxrvts6">--&nbsp;</span><BR>
<span class="ecxrvts6">&nbsp;Dmitri &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</span><a class="ecxrvts7" href="mailto:ddubov@ngs.ru">mailto:ddubov@ngs.ru</a><BR>                                               <br /><hr />New Windows 7: Find the right PC for you. <a href='http://windows.microsoft.com/shop' target='_new'>Learn more.</a></body>
</html>