<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Dear Gromacs Users,<BR>
I am having similar problem that was reported by Sarah about a year ago. I am using Gromacs4.0.7. I am using the&nbsp;following command to make the index file.<BR>
make_ndx -f dppc128.gro -o sn1.ndx<BR>&gt; a C34<BR>&gt; a C36<BR>&gt; ...<BR>&gt; a C50<BR>&gt; del 0-2<BR>&gt; q<BR>I am using following command to calculate the order parameter.<BR>
g_order&nbsp;-n sn1.ndx -od&nbsp;<BR>I am using all other default input file names. I am only getting two output files: sg-ang.xvg and sk-dist.xvg, no order.xvg.<BR>
I am not sure how to get around this.<BR>
I would really appreciate any help.<BR>
Thanks,<BR>
Jayeeta<BR>
<EM></EM>&nbsp;<BR>                                               <br /><hr />Hotmail: Powerful Free email with security by Microsoft. <a href='http://clk.atdmt.com/GBL/go/201469230/direct/01/' target='_new'>Get it now.</a></body>
</html>