Thank, that did the trick!!!<div><br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 12, 2010 at 7:00 AM, Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Hi Ilya,<br>
<br>
If it is an amino acid, albeit modified, you can make pdb2gmx<br>
recognize it as such by adding it to the file &#39;aminoacids.dat&#39;. This<br>
file is in the installation directory. You can also copy it to your<br>
working directory and change it there, as it will then take precedence<br>
over the other one. Do mind to increment the number at the top of the<br>
file for every amino acid you add.<br>
<br>
Hope it helps,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Fri, Mar 12, 2010 at 3:56 PM, Joe Joe &lt;<a href="mailto:ilchorny@gmail.com">ilchorny@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; How do I tell pdb2gmx what the termini are in my molecule. I added a non<br>
&gt; standard amino acid to the ffoplsaa.rtp database but pdb2gmx says &quot;No N- or<br>
&gt; C-terminus found: this chain appears to contain no protein&quot;.<br>
&gt; thanks,<br>
&gt; Ilya<br>
&gt;<br>
</div></div>&gt; --<br>
<div class="im">&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
</div><font color="#888888">--<br>
Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
<br>
Computational Chemist<br>
Medicinal Chemist<br>
Neuropharmacologist<br>
</font><div><div></div><div class="h5">--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>