I think there is a tdb problem when using pdb2gmx on a single amino acid. The tdb databases replaces the CA with different charges depending on whether its a c or n termini. When its a single amino acid you get the c terminal charge and thus the overall charge is incorrect. Am I missing something?<div>
<br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Ilya</div><div><br></div>