<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font face="Times New Roman" size="3">I used g_hbond for analysis of hydrogen bonds.</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font face="Times New Roman" size="3"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><span style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: &#39;Courier New&#39;">g_hbond -f *.xtc -s *.tpr -n *.ndx -num -g -ac -dist -ang -hx -hbn -hbm -don -dan -life -nhbdist -a 30 -r 0.35</span></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font face="Times New Roman" size="3"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font face="Times New Roman" size="3"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font face="Times New Roman" size="3">Following text was turned up:</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font face="Times New Roman" size="3"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font face="Times New Roman" size="3"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">ACF 288/288</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">Normalization for c(t) = 0.0204067 for gh(t) = 8.10294e-06</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font face="Times New Roman" size="3"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">WARNING: Correlation function is probably not long enough</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">because the standard deviation in the tail of C(t) &gt; 0.001</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">Tail value (average C(t) over second half of acf): 0.685894 +/- 0.00448515</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">Hydrogen bond thermodynamics at T = 298.15 K</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">Fitting parameters chi^2 =<span style="mso-spacerun: yes">  </span>0.0199698</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">Q =<span style="mso-spacerun: yes">          </span>0</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">--------------------------------------------------</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">Type<span style="mso-spacerun: yes">      </span>Rate (1/ps) Time (ps)<span style="mso-spacerun: yes">  </span>DG (kJ/mol)<span style="mso-spacerun: yes">  </span>Chi^2</font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">Forward<span style="mso-spacerun: yes">         </span>0.015<span style="mso-spacerun: yes">     </span>65.068<span style="mso-spacerun: yes">      </span>14.879<span style="mso-spacerun: yes">   </span>0.0199698</font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">Backward<span style="mso-spacerun: yes">        </span>0.009<span style="mso-spacerun: yes">    </span>108.405<span style="mso-spacerun: yes">      </span>16.144</font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">One-way<span style="mso-spacerun: yes">         </span>0.020<span style="mso-spacerun: yes">     </span>48.818<span style="mso-spacerun: yes">      </span>14.166</font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">Integral<span style="mso-spacerun: yes">        </span>0.007<span style="mso-spacerun: yes">    </span>143.963<span style="mso-spacerun: yes">      </span>16.847</font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">Relaxation<span style="mso-spacerun: yes">  </span><span style="mso-spacerun: yes">    </span>0.085<span style="mso-spacerun: yes">     </span>11.787<span style="mso-spacerun: yes">      </span>10.644</font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font face="Times New Roman" size="3"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">HB lifetime = 10.98 ps</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">Note that the lifetime obtained in this manner is close to useless</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">Use the -ac option instead and check the Forward lifetime</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font face="Times New Roman" size="3"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font face="Times New Roman" size="3"><strong>Is my manner wrong? </strong></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font face="Times New Roman" size="3"><strong> </strong></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font face="Times New Roman" size="3"><strong>What  job Should be done?</strong></font></p>