Dear All,<br>   I have a trimeric protein system which binds to two different ligands.<br>The ligands are oligosaccharides. The difference between the two is first ligand has beta 1-4 linkage and the second ligand has beta 1-3 linkage between Galactose (Gal) and N-Acetyl Glucosamine (GlcNAc). Since the linkage changes I have changes in atoms, bonds, pairs, angles and dihedrals.<br>
In the pair and dihedrals, some of the pairs are present in the first ligand and not in the second ligand. How do I make the topology for the change from ligand A to ligand B in the free energy simulations? The same is the case with dihedrals. Angles, bonds and atoms have no problem. Can someone please help me in this regard?<br>
<br>Thanks for your time.<br><br>Regards<br>Sai<br>