Hi everyone,<br>Please I made an error during my simulation:<br>I ran my simulation in the following way for many steps:<br>grompp -v -f md.mdp -c ax.pdb -t bx.trr -e dx.edr -o ex.tpr -p fx.top<br>mdrun -v -s ex.tpr -o gx.trr -c hx.pdb -x ix.xtc -e md.edr -g md.log<br>
<br>But in my em.mdp,<br>I kept: gen_vel = yes<br><br>So is my simulation correct or does it generate velocities each time?<br><br>I mean, what is meaningful: gen_vel or grompp -t -e ?<br><br>Thank you<br>Carla<br>