Hello All,<br><br>My earlier error ie. dVpot/dlambda values  coming zero is solved now....<br>But still two values dEkin/dlambda  dG/dl constr as continously coming zero.<br>I understand that for free energy calculation only dVpot/dlambda are required. So, should I ignore these two values and proceed with the work......or due to any mistake with the parameters these values are coming zero and are going to hamper the values of dVpot/dlambda?<br>
<br>Any suggestion will be appreciated...<br><br>Below is the .mdp file and a short portion of .log file <br><br>integrator               = sd<br>tinit                    = 0<br>dt                       = 0.002<br>nsteps                   = 100<br>
nstcomm                  = 1<br>nstxout                  = 100<br>nstvout                  = 100<br>nstfout                  = 100<br>nstlog                   = 500<br>nstenergy                = 100<br>nstxtcout                = 5000<br>
xtc-precision            = 1000<br>nstlist                  = 10<br>ns_type                  = grid<br>energygrps               = protein sol &lt;1&gt;<br>Tcoupl = v-rescale<br>tau_t = 0.1 0.1<br>tc_grps = protein non-protein<br>
ref_t = 300 300<br>gen_vel = yes<br>gen_temp  = 300<br>gen_seed = 173529<br>pbc                      = xyz<br>rlist                    = 1.0<br>;domain-decomposition     = no<br>coulombtype              = pme<br>;rcoulomb-switch          = 0<br>
rcoulomb                 = 1.0<br>epsilon-r                = 1<br>vdw-type                 = cut-off<br>; cut-off lengths        =<br>;rvdw-switch              = 0.8<br>rvdw                     = 1.4<br>DispCorr                  = EnerPres<br>
; Spacing for the PME/PPPM FFT grid =<br>fourierspacing           = 0.1<br>fourier_nx               = 0<br>fourier_ny               = 0<br>fourier_nz               = 0<br>pme_order                = 6<br>ewald_rtol               = 1e-06<br>
optimize_fft             = yes<br>free_energy              = yes<br>init_lambda              = 0.1<br>delta_lambda             = 0<br>sc_alpha                 =0.5<br>sc-power                 =1.0<br>sc-sigma                 = 0.3<br>
couple-moltype           = &lt;1&gt;<br>couple-lambda0           = vdw-q<br>couple-lambda1           = none<br>couple-intramol          = no<br>constraints              = hbonds<br>constraint-algorithm     = Lincs<br>unconstrained-start      = no<br>
shake-tol                = 0.0001<br>lincs-order              = 12<br>lincs-warnangle          = 30<br><br><b>log file</b><br><br>Long Range LJ corr.: &lt;C6&gt; 3.4799e-04<br>Long Range LJ corr.: Epot   -1326.36, Pres:   -82.3094, Vir:    1326.36<br>
   Energies (kJ/mol)<br>        G96Bond       G96Angle    Proper Dih.  Improper Dih.          LJ-14<br>    6.99048e+02    1.65819e+03    1.37665e+03    9.23811e+01    8.08449e+02<br>     Coulomb-14        LJ (SR)        LJ (LR)  Disper. corr.   Coulomb (SR)<br>
    2.87425e+04    2.11542e+05   -2.40740e+03   -1.32636e+03   -7.62482e+05<br>   Coul. recip.      Potential    Kinetic En.   Total Energy    Temperature<br>   -1.12221e+05   -6.33518e+05    1.40404e+05   -4.93114e+05    3.20262e+02<br>
 Pressure (bar)  dVpot/dlambda  dEkin/dlambda  dG/dl constr.  Cons. rmsd ()<br>    1.22146e+04   -1.29163e+03    0.00000e+00    0.00000e+00    6.13343e-03<br> Cons.2 rmsd ()<br>    6.06182e-03<br><br>DD  step 9 load imb.: force 18.9%  pme mesh/force 4.177<br>
<br>DD  step 99 load imb.: force 21.3%  pme mesh/force 2.621<br><br>           Step           Time         Lambda<br>            100        0.20000        0.10000<br><br>Writing checkpoint, step 100 at Tue Mar 16 18:43:50 2010<br>
<br>   Energies (kJ/mol)<br>        G96Bond       G96Angle    Proper Dih.  Improper Dih.          LJ-14<br>    2.87931e+03    4.71650e+03    2.07540e+03    1.47419e+03    8.73118e+02<br>     Coulomb-14        LJ (SR)        LJ (LR)  Disper. corr.   Coulomb (SR)<br>
    2.81990e+04    1.19859e+05   -2.41710e+03   -1.32636e+03   -7.79296e+05<br>   Coul. recip.      Potential    Kinetic En.   Total Energy    Temperature<br>   -1.25837e+05   -7.48800e+05    1.41221e+05   -6.07580e+05    3.22125e+02<br>
 Pressure (bar)  dVpot/dlambda  dEkin/dlambda  dG/dl constr.  Cons. rmsd ()<br>   -3.80744e+02    2.05188e+02    0.00000e+00    0.00000e+00    2.31636e-06<br> Cons.2 rmsd ()<br>    2.29249e-06<br> <br>Regards<br>Sunita Gupta<br>
<input id="gwProxy" type="hidden"><input onclick="jsCall();" id="jsProxy" type="hidden"><div id="refHTML"></div>