hi,<br />
  I am trying to do a normal mode analysis on a protein.I tried to energy minimize the structure, but was not being able to bring the Fmax less than that of the order 1.00000e-03.<br />
               Then I used the following ".mdp" file where I used the l-bfgs minimization method, using "cut-off" for electrostatics and Van der Waals interaction with rvdw and rcuolomb=0.<br />
<br />
define                   = -DFLEXIBLE<br />
constraints              = none<br />
integrator               = l-bfgs<br />
tinit                    = 0<br />
nsteps                   = 15000<br />
nbfgscorr                = 50<br />
emtol                    = .001<br />
emstep                   = 0.1<br />
gen_vel                  = yes<br />
gen-temp                 = 300<br />
nstcomm                  =  1<br />
; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<br />
; nblist update frequency<br />
nstlist                  = 0<br />
; ns algorithm (simple or grid)<br />
ns-type                  = simple<br />
; Periodic boundary conditions: xyz (default), no (vacuum)<br />
; or full (infinite systems only)<br />
pbc                      = no<br />
; nblist cut-off<br />
rlist                    = 0<br />
domain-decomposition     = no<br />
; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br />
; Method for doing electrostatics<br />
coulombtype              = Cut-Off<br />
rcoulomb-switch          = 0<br />
rcoulomb                 = 0<br />
; Dielectric constant (DC) for cut-off or DC of reaction field<br />
epsilon-r                = 1<br />
; Method for doing Van der Waals<br />
vdw-type                 = Cut-off<br />
; cut-off lengths<br />
rvdw-switch              = 0<br />
rvdw                     = 0<br />
<br />
The Fmax went down to  <br />
Maximum force     =  9.67927896882578e-07 on atom 3271, after doing the energy minimization with the above parameters twice.<br />
<br />
Then I used the same parameters, (while only changing the "integrator=nm") and did the normal mode analysis. <br />
The maximum force as calculated before the NMA was<br />
Maximum force: 9.67928e-07.<br />
<br />
Thus the Fmax as calculated at the end of the energy minimization and at the start of the NMA was the same.<br />
But while going through the  gromacs manual and the user mailing list archives, I have seen that the it is suggested that the van der Waals and Coulomb interactions should be calculated as<br />
<br />
switched Coulomb & van der Waals interactions; cutoffs e.g. at 1.0 nm, switched from 0.8 nm (or shifted from 0 nm).<br />
rlist at 1.2 to 1.3<br />
<br />
Changing the parameters in nm.mdp file gives the following message:Maximum force: 2.50866e+02 Maximum force probably not small enough to ensure that you are in anenergy well. Be aware that negative eigenvalues may occur when theresulting matrix is diagonalized.<br />
<br />
<br />
If I use these parameters in the energy minimization step the Fmax does not go down. Have I done the process correctly, or should I try again to reduce the Fmax in energy minimization step using switched cuolomb and van der waals interactions and then do NMA.<br />
<br />
Any suggestion will be of great help.<br />
Thanking You,<br />
Sarbani Chattopadhyay <br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table>