<div style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 16px;">Dear GROMACS users,<br _moz_dirty="" />
I have checked the mails in archive which deal with the problem I am 
facing but did not find the answer what I do wrong. <br _moz_dirty="" />
<br _moz_dirty="" />
I want to compile a PEO chain centered in box of 2900 water molecules. <br _moz_dirty="" />
<br _moz_dirty="" />
In my md.mdp the relevant section is as follows<br _moz_dirty="" />
Tcoupl              =  nose-hoover<br _moz_dirty="" />
tc-grps             =  PEO  SOL<br _moz_dirty="" />
tau_t               =  0.1  0.1<br _moz_dirty="" />
ref_t               =  50   50<br _moz_dirty="" />
gen_vel             =  yes<br _moz_dirty="" />
gen_temp            =  50   50<br _moz_dirty="" />
<br _moz_dirty="" />
I have generated an index file where I have defined the PEO group. The [ SOL ] group contains 129-8828 atoms and the [ PEO ] contains 1-128atoms. This matches with the gro file. I 
tried to prepare a tpr file using<br _moz_dirty="" />
<br _moz_dirty="" />
grompp -f md.mdp -c PEO18_2900TIP3P_opt.gro -n PEO18_2900TIP3P.ndx  -p 
topol.top -o PEO18_2900TIP3P_50K<br _moz_dirty="" />
<br _moz_dirty="" />
and got message<br _moz_dirty="" />
<br _moz_dirty="" />
Program grompp, VERSION 4.0.3<br _moz_dirty="" />
Source code file: readir.c, line: 1050<br _moz_dirty="" />
<br _moz_dirty="" />
Fatal error:<br _moz_dirty="" />
16 atoms are not part of any of the T-Coupling groups<br _moz_dirty="" />
<br _moz_dirty="" />
I tried the compilations with 4.0.3 and 4.0.5 versions but the message 
was the same. <br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" /> I would be really thankful for an advice which can move me 
further. Thank you in advance.<br _moz_dirty="" />
<br _moz_dirty="" />
Zuzana<br _moz_dirty="" />
<br _moz_dirty="" />
<br _moz_dirty="" />
<br _moz_dirty="" />
</div>