Dear gromacs users,<br>I have some doubts regarding the options to be selected in g_sas program. g_sas asks for two groups, first one for calculation and second one for output. As I have understood from the manual that first group should contain all non solvent groups and second one the whole or part of these groups. Now my doubt is that in a system of protein+ligand, when I am selecting both the protein and ligand in option 1 ( in the calculation group) it automatically is sending the second selected group to second option ( that is in the output group). Is the solvent accessible area  given in terms of the output group in the xvg file?<br>
 I want to calculate solvent accessibility of the ligand which is surrounded by the protein. Selecting what option can mimic that situation most closely? <br>Regards<br>Supti<br>NIMHANS, BANGALORE<br><br clear="all"><br><br>