Hi all,<br><br>I have a periodical system comprised a nanotube and water solvent. Positive acceleration is applied to every water molecules and I am trying to count the water flux through the nanotube. I also specified force constraints (1000) on the nanotube to keep it in place. The question is whether removal of center of mass motion is needed for this kind system with accelerated water molecules. I performed the simulation with removal of center of mass motion for the nanotube and water as two groups (nstcomm=1, comm-mode=Linear, comm-grps=CNT SOL).The flux result is significantly smaller than the result from simulations w/o removal of center of mass motion.<br>
<br>As I understand it, removal of center of mass motion is generally required for equilibrium MD runs in Gromacs. However, the simulations that I performed are non-equilibrium MD runs. Could anyone help me with some advices on this problem? I highly appreciate your help!<br>
<br>Sincerely,<br><br>Yang<br clear="all"><br>-- <br>----------------------------------------------------------------------<br>                      Life is elsewhere<br>