Dear all,<br>I have performed a MD of a polymer chain interacting on a
carbon nanotube using gromacs 4.0.7. I need to evaluate the potential
energy of the polymer alone, during the dynamic, so to compare with its
potential energy in vacuo. During the dynamic, the CNT was frozen, and
I used exclusions groups to avoid to calculate CNT CNT non bonding
interactions (I assume the bonds and angles potentials are computed
anyway).<br>
<br>Looking at the mailing list, I have used the following method:<br><br>1) use make_ndx to create a group system containing only the atoms for the polymer<br><br>2) Create a new simulation file:    tpbconv  -s original.tpr -n index.ndx -o rerun.tpr<br>
3) adjust the trajectory according to the new simulation file:  trjconv -f totaltrj.xtc -n index.ndx -s rerun.tpr -o rerun.xtc<br>
4) analyze the trajectory: mdrun -s rerun.tps -rerun rerun.xtc<br><br>everything is performed without errors, but, when I use g_energy to evaluate the energy of the polymer, I get something like:<br><br>Statistics over 15000001 steps [ 0.0000 thru 30000.0020 ps ], 7 data sets<br>

All averages are over 15001 frames<br><br>Energy                      Average       RMSD     Fluct.      Drift  Tot-Drift<br>------------------------------<div id=":9b" class="ii gt">-------------------------------------------------<br>
Angle                       1630.18    61.5356    61.0703 -0.000872146   -26.1644<br>
Ryckaert-Bell.              233.049    45.1358    34.5826 -0.00334919   -100.476<br>LJ-14                       669.907    20.0797    19.9169 -0.000294607    -8.8382<br>Coulomb-14                  637.187    16.2921    16.1707 0.000229164    6.87492<br>

LJ (SR)                           0          0          0          0          0<br>Coulomb (SR)                      0          0          0          0          0<br>Potential                   3170.33    84.0654    75.4238 -0.00428678   -128.603<br clear="all">

<br><br>The question is: why the short range lennard-jones and short range coulombic interactions are zero? those are the usual option from 1 to 8:<br>  2  Angle            3  Ryckaert-Bell.   4  LJ-14   5  Coulomb-14       6  LJ-(SR)          7  Coulomb-(SR)     8  Potential  <br>
<br>They are present for the orginal dynamic on CNT as well as in the dynamic in vacuo.<br>hope in some answers. Thanks<br><br>Andrea<br><font color="#888888">-- <br>
Dr. Andrea Minoia<br>Chemistry of Novel Materials<br>Uneversity of Mons, UMONS<br>Parc Initialis, Avenue Copernic 1<br>B-7000 Mons, Belgium<br>Mail: <a href="mailto:minoiaa@averell.umh.ac.be" target="_blank">minoiaa@averell.umh.ac.be</a><br>

Tel: +32 65 373859 Fax: +32 65 373861</font></div>