I am seeing weird behavior when I trjconv my trajectory containing NaCl, tip3p, and protein. I use the OPLSAA force field and octahedral PBCs.<div><br></div><div>When I run</div><div><br></div><div>trjconv -f traj.trr -s topol.tpr -pbc nojump -o trajout.xtc </div>
<div><br></div><div>The ions in the output form clusters of three similarly charged ions in the shaped like a triangle. If I look at the non trjconved trajectory everything looks fine. Any thoughts?</div><div><br></div><div>
<br></div>