Thanks, that makes sense. <br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 25, 2010 at 12:15 PM, Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<p>Hi Joe,</p>
<p>Probably you have a mismatch between your reference structure and the trajectory. So trjconv assumes coordinates associated with ions, while they actually belong to water.</p>
<p>Hope it helps,</p>
<p>Tsjerk<br>
</p>
<p></p><blockquote type="cite"><div><div></div><div class="h5">On Mar 25, 2010 7:22 PM, &quot;Joe Joe&quot; &lt;<a href="mailto:ilchorny@gmail.com" target="_blank">ilchorny@gmail.com</a>&gt; wrote:<br><br>I am seeing weird behavior when I trjconv my trajectory containing NaCl, tip3p, and protein. I use the OPLSAA force field and octahedral PBCs.<div>

<br></div><div>When I run</div><div><br></div><div>trjconv -f traj.trr -s topol.tpr -pbc nojump -o trajout.xtc </div>
<div><br></div><div>The ions in the output form clusters of three similarly charged ions in the shaped like a triangle. If I look at the non trjconved trajectory everything looks fine. Any thoughts?</div><div><br></div><div>


<br></div>
<br></div></div>--<div class="im"><br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></blockquote><p></p>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>