<br>I am simulating an ion channel and require help placing a concentration of ions at one side of the box (below the membrane).<br><br>SETUP: membrane + embedded protein in the center of the cube. <br><br>I tried to generate a smaller cube (of the required volume below the cube), solvate, add ions and then <i>cat</i> with the *.gro file of my system before solvating. But when I solvate the system with ions, the ions are removed. <br>

<br>Any suggestions as to how to handle this problem?