Hello All,<br><br>I need to convert a large number of PubChem SDF files into Mol2 format, for input into Gromacs.  I have been using UCSF Chimera to convert an SDF file into Mol2 format; I use Chimera to add partial charges and run energy minimisation on the molecule.  So far, I have only been able to convert individual files using this method.  Is there another way to convert a large number of SDF files to Mol2 format at once, and also preserve the filenames?<br>
<br>Thanks in advance,<br><br>Nancy<br><br>