<div class="im">Hi all,<br><br>I have been trying to calculate the PMF of two NA+ ions
in explicit bulk water. First, I tried to calculate the mean force
between the two ions at a distance of 0.48 nm, which is big enough than
the diameter of the ions. I first energy minimized the system with the
script below, but it did not converge. After that, I removed one of the
ions, and tried again, it did not work again. <br>
<br>I am using ffG43a1 ff, and checked whether I used the correct naming for the ion: Everything seems to be OK. <br><br></div>I could not attach the initial coordinate file due to the limited size. If you want I can also sent it to you as well.<div>
<br><div class="im">

<br><b>Script: </b><br>title               =  Minimization<br>cpp                 =  /usr/bin/cpp<br>define              =  -DFLEX_SPC<br>constraints         =  none<br>integrator          =  steep<br>dt                  =  0.002    ; ps !<br>


nsteps              =  30000<br>nstlist             =  10<br>ns_type             =  grid<br>rlist               =  1.0<br>vdwtype             =  cut-off <br>coulombtype         =  PME <br>rcoulomb            =  1.0<br>rvdw                =  1.4<br>


fourierspacing      =  0.12<br>pme_order           = 4<br>ewald_rtol          = 1e-5<br>optimize_fft        = yes<br>;<br>;       Energy minimizing stuff<br>;<br>emtol               =  100.0<br>emstep              =  0.01<br>


<br><br><b>Output</b>:<br><br>Steepest Descents converged to machine precision in 36 steps,<br>but did not reach the requested Fmax &lt; 100.<br>Potential Energy  = -1.0409969e+05<br>Maximum force     =  9.6685031e+04 on atom 294<br>


Norm of force     =  1.4924829e+03<br><br>What may be the problem?<br><br>Best Regards</div></div><br clear="all"><br>-- <br>Ozge Engin<br> ★☆<br>