<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hello Sir,<br>Thanks for your help.<br>I have generated .itp file for my ligand through dundee server as I was unable to generate it through Gromacs using any force field.<br>So what changes should I make ?<br><br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div><br><br>--- On <b>Sat, 27/3/10, Justin A. Lemkul <i>&lt;jalemkul@vt.edu&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] query regarding atom type<br>To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Date: Saturday, 27 March, 2010, 8:14 PM<br><br><div class="plainMail"><br><br>sonali dhindwal wrote:<br>&gt; Hello All<br>&gt; I am trying to add ions to my protein, for that I have run this command,,<br>&gt; <br>&gt; [sakshi@localhost ~/sonali]$ grompp
 -f ions.mdp -c protein_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr<br>&gt; and every time I run it, following error is coming<br>&gt; Fatal error:<br>&gt; Atomtype OA not found<br>&gt; <br>&gt; I am using OPLSA force field and I have a ligand in my molecule in which this atom type is there.<br>&gt; I have tried to change the atom type after seeing force field's .itp file and<br>&gt; I have also included ligand .itp file in topology file.<br>&gt; But nothing is working for me.<br><br>Then you haven't been changing the right thing(s).&nbsp; How do you have an OA atom type in the ligand file under OPLS?&nbsp; What program generated your ligand .itp file?&nbsp; All OPLS atom types are of the format "opls_XXX," so if you've got anything else, you're dealing with some hybridized, non-functional topology that may in fact be trying to mix force fields.<br><br>-Justin<br><br>&gt; <br>&gt; Please help<br>&gt; Thanks in advance<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; --<br>&gt;
 Sonali Dhindwal<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; The INTERNET now has a personality. YOURS! See your Yahoo! Homepage &lt;<a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_yyi_1/*http://in.yahoo.com/" target="_blank">http://in.rd.yahoo.com/tagline_yyi_1/*http://in.yahoo.com/</a>&gt;.<br>&gt; <br><br>-- ========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a
 href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></blockquote></td></tr></table><br>
      <!--1--><hr size=1></hr> 
Your Mail works best with the New Yahoo Optimized IE8. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_ie8_new/*http://downloads.yahoo.com/in/internetexplorer/" target="_blank">Get it NOW!</a>.