<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hello All<br>I am trying to add ions to my protein, for that I have run this command,, <br><br><span style="font-weight: bold;">[sakshi@localhost ~/sonali]$ grompp -f ions.mdp -c protein_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr</span><br>and every time I run it, following error is coming<br><span style="font-weight: bold;">Fatal error:</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Atomtype OA not found<br><br></span>I am using OPLSA force field and I have a ligand in my molecule in which this atom type is there.<br>I have tried to change the atom type after seeing force field's .itp file and <br>I have also included ligand .itp file in topology file.<br>But nothing is working for me.<br><br>Please help<br>Thanks in advance<br><span style="font-weight: bold;"></span><br><br><br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div></td></tr></table><br>



      <!--1--><hr size=1></hr> 
The INTERNET now has a personality. YOURS! <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_yyi_1/*http://in.yahoo.com/" target="_blank">See your Yahoo! Homepage</a>.