<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<br><br>&gt; Date: Tue, 30 Mar 2010 08:13:11 -0400<br>&gt; From: jalemkul@vt.edu<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] problem with the energy minimization of a system        composed of two NA+ ions and explicit water<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Ozge Engin wrote:<br>&gt; &gt; Hi all,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; First of all, thank you for your quick reply Justin. Here, I want to <br>&gt; &gt; state the problem in a clearer way.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; I have been trying to calculate the PMF between two NA+ ions in explicit <br>&gt; &gt; water. In order to do that I first pulled one of the NA+ ions <br>&gt; &gt; continuously with respect to the other until the farthest point on the <br>&gt; &gt; PMF curve was reached. After that I split the continuous pulling <br>&gt; &gt; trajectory from the points that are in correspondence with the <br>&gt; &gt; constraint points of the PMF curve. These were done via *genera_start_4* <br>&gt; &gt; script.<br>
 &gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; You don't have a PMF curve.  I expect you're referring either to the pullf.xvg <br>&gt; or pullx.xvg files generated from the COM pulling output.  PMF is calculated <br>&gt; later, through umbrella sampling.<br>&gt; <br>&gt; &gt; I took each starting conformation, that was obtained from continuous <br>&gt; &gt; pulling, solvated with water, and then energy minimized. Then, I <br>&gt; &gt; prepared the systems for constraint pulling MD production runs. These <br>&gt; <br>&gt; Weren't these systems already solvated in the above pulling?  If you add water <br>&gt; differently to each system, you may get unreliable results.  Use <br>&gt; water-containing configurations from the original SMD trajectory (above) as your <br>&gt; input configurations.<br>&gt; <br>&gt; &gt; were done via *input* script. Interestingly, systems (ion+water) at some <br>&gt; &gt; of the constraint points could not been energy minimized, it reached to <br>&gt; &gt; the machine 
 epsilon, but not to the desired criteria. The force per atom <br>&gt; &gt; was too high, around the order of ^4. Moreover, this issue was not <br>&gt; &gt; distance-dependent, which means that the energy minimization worked for <br>&gt; &gt; smaller constraint points, but not for some of the larger constraint <br>&gt; &gt; points. When I looked at the problematic trajectories, I saw that bonds <br>&gt; &gt; of a water molecule near the box boundary was longer. I thought that <br>&gt; &gt; this may be due to genbox command. Because of the small radius of NA+ <br>&gt; <br>&gt; Perhaps.  See the above comment.  It's better to not re-solvate after the fact. <br>&gt;   Was the initial pull actually conducted in vacuo?<br>&gt; <br>&gt; &gt; ion it may not check the overlaps among the atoms. In order to test <br>&gt; &gt; whether it is the case I increased the LJ parameters of the ion. This <br>&gt; &gt; worked for some of the points, but not for others. (Note that the <br>&gt; &gt
 ; diameter is still smaller than the constraint distance between the two <br>&gt; &gt; ions.) <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; I use ffG45a3 force field, and the scripts given above. I tried this <br>&gt; &gt; with different versions of Gromacs: 4.0.7, 4.0.5, and faced with similar <br>&gt; &gt; problems.<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; Is the total pull distance less than half the box vector along which you are <br>&gt; pulling?  If not, you will be getting bizarre behavior from the pull code <br>&gt; related to PBC.<br>&gt; <br>&gt; Also realize that when you say you are doing constraint pulling, it will require <br>&gt; some trickery to calculate the PMF after your simulations are done.  What you <br>&gt; want is umbrella sampling.  You can get the PMF from constraint forces, but <br>&gt; there is no automated tool to do this in Gromacs (see the list archive for a few <br>&gt; posts on how you could approach that).  I'd say make your life easy and use <br>&gt; umbrella sampling
  for the actual data collection :)<br><br>I don't agree with that.<br>Constraining is simpler, since you can simply integrate the mean for
ce<br>(you have to take care with the entropy effect, but that old holds for<br>umbrella sampling).<br>Anyhow, I assume Ozge is using a script I provided her.<br>I can clean that up and post it if it is of general use.<br><br>Berk<br><br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; &gt; Kind Regards<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; -- <br>&gt; &gt; Ozge Engin<br>&gt; &gt; ★☆<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at htt
 p://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               <br /><hr />New Windows 7: Find the right PC for you. <a href='http://windows.microsoft.com/shop' target='_new'>Learn more.</a></body>
</html>