Hi,<br>I need to solvate a molecule with chloroform. Different from water and DMSO, CHCL3 does not have a &quot;solvent box&quot; to use. I used the topology present in ffG53a6.rtf and create a box and equilibrate it but when I checked the trajectories some H atoms appear in an incorrect position, i.e., behind the 3 chlorine away from carbon (to the opossite direction: C-CL3-H) but  then I checked that the topology does not define any bond between H and C.<br>

I rebuild the topology from scratch using the parameters present in this FF. When I analyse the trajectories the geometry is OK, but the density of the system is lower than expected for pure solvent. (In the previous case when the geometry wasn&#39;t fine, the density of the system was OK).<br>

<br>Do you know what could be happening?<br>Or do you have a a chloroform (all atoms) solvent box?<br><br>Thanks in advance<br><br>Esteban<br>