<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hello All,<br>I have done one MD similation for 1 ns for my protein, having two ligands and one metal ion with GROMOS96 43a1 force field and&nbsp; dodecahedron box as tge unit cell.<br>After simulation when i checked RMSD, it is increasing till 1ns and observing the .gro file in VMD, I have seen that, my protein structre is very much distorted,&nbsp; intialy it had tim barell topolgy with 8 beeta sheets and 8 alpha sheets,,now only 7 sheets are remaing,one became coiled strucutre. What could b the possible reason ? <br>Thanks in advance.<br><br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div></td></tr></table><br>
      <!--1--><hr size=1></hr> 
Your Mail works best with the New Yahoo Optimized IE8. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_ie8_new/*http://downloads.yahoo.com/in/internetexplorer/" target="_blank">Get it NOW!</a>.