Oh almost forgot you also have to put<div><br></div><div>vdw-type = user</div><div><br></div><div>in the mdp file.  As this tell gromacs to read in the tables.</div><div><br></div><div>Gareth <br><br><div class="gmail_quote">
On Thu, Apr 1, 2010 at 3:25 PM, Gareth Tribello <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gareth.tribello@gmail.com">gareth.tribello@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Hi<div><br></div><div>Basically you can provide a file in which you calculate the values of your potential function for different values of r.  You will have to write a small program to create the table file yourself I think.  The details of what should be in it are described in section 6.7.2 of the manual but briefly gromacs treats your forcefield as follows:</div>

<div><br></div><div>V(r) = (q_i q_j / 4 pi eps_0 ) f(r) + A g(r) + C h(r)</div><div><br></div><div>Your table should have seven columns which are:</div><div><br></div><div>r, f(r) , f&#39;(r) , g(r), g&#39;(r) , h(r), h&#39;(r)</div>

<div><br></div><div>Gromacs will then get itself the A and C from the topol.top file.  (incidentally your mix type in the initial defaults line should be 1).  The spacing between r values will depend on whether you are using a single or double precision version of gromacs.</div>

<div><br></div><div>As an example if you were using Lennard Jones with a coulomb interaction</div><div><br></div><div>f(r) = 1/r</div><div>g(r) = -1/r**6</div><div>h(r) = 1/r**12</div><div><br></div><div>You then need to put the tables you are using in the directory in which you are running gromacs.</div>

<div><br></div><div>Ciao</div><div>Gareth</div><div><font color="#888888">   <br><br></font><div class="gmail_quote"><div><div></div><div class="h5">On Thu, Apr 1, 2010 at 12:08 PM, DreamCatcher <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:huangshuping1987@gmail.com" target="_blank">huangshuping1987@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div></div><div class="h5">Message: 5<br>
Date: Thu, 01 Apr 2010 16:30:44 +1100<br>
From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] custom forcefields or a new forcefields<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4BB42F84.9050703@anu.edu.au" target="_blank">4BB42F84.9050703@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<div><br>
On 01/04/10 16:20, DreamCatcher wrote:<br>
&gt; Hello gmx-users,<br>
&gt;         I have just look through the mail-list to find this<br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-October/045569.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-October/045569.html</a> concerned<br>
&gt; on the develop of a new force field.<br>
&gt;         It seems that If I wanna use a force field haven&#39;t been<br>
&gt; incooperate into the gromacs&#39; extant version, What I need to do only is<br>
&gt; to make some new files with suffixes like .rtp / .hdb / nb.itp / bon.itp<br>
&gt; to contain the new force field parameters.<br>
Yes.<br>
&gt; This may certainly work out<br>
&gt; for pdb2gmx programme, But will it also work out for another programmes<br>
&gt; like mdrun?<br>
Well, it will, because pdb2gmx builds topologies that grompp can parse<br>
into input for mdrun.<br>
&gt; Cause maybe the forcefield potential function are different<br>
&gt; from any other forcefileds contained in the gromacs. Then what others<br>
&gt; can I do to finally introduce a totally new force field to gromacs?<br>
Have a look at all the possibilities GROMACS already knows about in<br>
chapter 4, and consider also the use of table-lookups for two-body<br>
functions (manual 6.7.2). IIRC many-bodied functions won&#39;t work yet.<br><br>
Mark<br></div>
------------------------------








<br><br>Hey Mark,<br>       Thanks very much for your benevolence. Another question, How can I set up a new functions? Where should they be located? What do you mean when you talk about &quot;table-lookups  for two-body functions&quot;? Where should the lookups take place? <br>


       When I use &quot;man mdrun&quot; to find a &quot;-table&quot; option for table-lookup, it obviously indicates an input file **.xvg, What can **.xvg file do? How should it be created? What is the content in it?<br>

       Thank a lot and thanks in advance!<br>
                                                                                                                  celeste<br>                                                                                                               2010-4-1<br>


<br></div></div>--<div class="im"><br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>